(2) Hospodaření Fondů podléhá kontrole ministerstva financí a nejvyššího účetního kontrolního úřadu. Opatření Fondu, proti němuž vysloví námitky zástupce ministerstva financí (na Slovensku prostřednictvím pověřence Slovenské národní rady pro finance), nesmí se provésti, dokud vzniklý rozpor se neodstraní jednáním mezi dotčenými ministerstvy, a nepodaří-li se to, rozhodnutím vlády.