(1) V čele samostatné fakulty je děkan, kterého zastupují proděkani. Pro působnost děkana platí obdobně ustanovení § 38 odst. 1 písm. a), § 44 odst. 1, § 48 odst. 3 a § 50. Na řízení samostatné fakulty se podílí její vědecká rada, o níž platí obdobně ustanovení § 46. Pro působnost tajemníka fakulty platí obdobně ustanovení § 41.

(2) Děkana a proděkany samostatné fakulty volí vědecká rada samostatné fakulty tajným hlasováním na dobu tří let. Děkanem a proděkanem samostatné fakulty může být volen řádný profesor, mimořádný profesor nebo docent, který je pracovníkem příslušné fakulty. Volbu děkana a proděkanů samostatné fakulty potvrzuje ministr školství a kultury; nepotvrdí-li volbu, bude provedena volba nová.

(3) Na nově zřízené samostatné fakultě jmenuje na dobu tří let děkana a proděkany ministr školství a kultury.

(4) Děkan nebo proděkan samostatné fakulty může být odvolán z funkce na vlastní žádost, dále jestliže hrubě porušil své povinnosti nebo je soustavně neplní, nebo jestliže mu bylo uloženo kárné opatření. Děkana a proděkany odvolává vědecká rada samostatné fakulty tajným hlasováním; odvolání děkanů a proděkanů potvrzuje ministr školství a kultury.