(2) Nepodaří-li se vzniklý rozpor s výjimkou případů uvedených v odstavci 4 odstranit do 60 dnů dohodou nadřízených orgánů podle odstavce 1, rozhodne Ministerstvo pro místní rozvoj po projednání s příslušnými správními úřady do 60 dnů od postoupení rozporu k rozhodnutí. Jde-li o stavby, kde řízení provádějí orgány podle zvláštních právních předpisů, rozhodne o rozporu ústřední správní úřad nadřízený těmto orgánům obdobným způsobem.