(1) Předpisy, které upravují jiné způsoby ochrany území nebo objektů nacházejících se uvnitř oblasti, zůstávají nedotčeny.⁹)

(2) Ložiska nerostných surovin lze těžit v oblasti v rámci dobývacích prostorů stanovených před účinností této vyhlášky podle stávajících předpisů.⁵)

(3) Na sídelní útvary, jejichž zastavěným územím prochází hranice oblasti, se hledí, jakoby celé ležely v oblasti s výjimkou intravilánu města Český Krumlov.

(4) Vlastnická práva a jiné majetkové vztahy k nemovitostem ležícím v oblasti nejsou jejím zřízením dotčeny.

(5) Mapy, v nichž je zakresleno území oblasti a její rozčlenění do zón, jsou uloženy u ministerstva, u Státního ústavu památkové péče a ochrany přírody v Praze, u Jihočeského krajského národního výboru v Českých Budějovicích, u Krajského střediska státní památkové péče a ochrany přírody v Českých Budějovicích, u okresních národních výborů v Českých Budějovicích, v Českém Krumlově a v Prachaticích.

(6) Výjimku z ustanovení § 5 odst. 1 a 2, § 6 odst. 4 a 5, § 7, § 8, § 9 odst. 2 a odst. 3 písm. b) a § 10 této vyhlášky může udělit ministerstvo.⁸)

(7) Na státní přírodní rezervace a chráněné přírodní výtvory vyhlášené na území oblasti podle zákona se tato vyhláška nevztahuje.

(8) Dotčeným orgánem státní ochrany přírody je při řízeních podle zvláštních předpisů¹⁰) příslušný okresní orgán státní ochrany přírody.