(3) Ministerstvo životního prostředí dále
a) provádí vymezení a hodnocení nadregionálního systému ekologické stability podle § 4 odst. 1,
b) vydává povolení k vývozu a dovozu ohrožených rostlin a živočichů chráněných mezinárodními úmluvami podle § 5 odst. 10,
c) rozhoduje o povolení k provozování záchranné stanice a jeho změně nebo zrušení, vede přehled záchranných stanic a zveřejňuje jej způsobem umožňujícím dálkový přístup podle § 5 odst. 12 a 13,
d) rozhoduje o povolení k využívání invazního nepůvodního druhu na unijním seznamu podle § 13d odst. 1, podává Komisi žádost o udělení oprávnění podle § 13d odst. 4 a rozhoduje o zrušení povolení podle § 13d odst. 5,
e) vydává souhlasy s použitím ustanovení o zásazích proti škůdcům a o případech mimořádných okolností a nepředvídaných škod a stanoví přitom rozsah jejich použití v národních přírodních rezervacích,
f) oznamuje a projednává záměry na vyhlášení národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek nebo ochranných pásem těchto zvláště chráněných území,
g) vydává souhlasy k vývozu paleontologických nálezů podle § 11 odst. 3 a vydává povolení k vývozu zvláště chráněných nerostů podle § 53,
h) vydává opatření obecné povahy, kterými se stanoví klidová území národních parků podle § 17 odst. 3,
i) vydává stanovisko k právnímu jednání, kterým dochází k převodu nemovitých věcí ve zvláště chráněných územích nebo jejich ochranných pásmech podle § 61b odst. 3 až 7,
j) projednává a schvaluje plány péče o národní přírodní rezervace, národní přírodní památky, chráněné krajinné oblasti a o ochranná pásma těchto zvláště chráněných území podle § 38,
k) schvaluje zásady péče o národní parky a jejich ochranná pásma podle § 38a odst. 6,
l) předává dokumentaci vyhlášených národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území a dále ptačích oblastí a evropsky významných lokalit do ústředního seznamu,
m) oznamuje lokality, které nebyly zařazeny do evropského seznamu podle § 45a odst. 4 a vyhlašuje sporné lokality podle § 45b odst. 2,
n) zajišťuje zpracování souhrnů doporučených opatření pro evropsky významné lokality a ptačí oblasti podle § 45c odst. 3 a § 45e odst. 6, předává je do ústředního seznamu a zveřejňuje je prostřednictvím internetu,
o) podává žádosti o stanovisko Komisi podle § 45i odst. 5 a informuje Komisi o uložených nebo stanovených kompenzačních opatřeních a způsobu jejich zajištění podle § 45i odst. 8,
p) ve spolupráci s ostatními orgány ochrany přírody, vlastníky a nájemci pozemků, občanskými sdruženími a dalšími odbornými subjekty zajišťuje a schvaluje záchranné programy podle § 52,
q) vydává potvrzení o vzniku předkupního práva státu, podává na jeho základě návrh na zápis předkupního práva do katastru nemovitostí a uplatňuje předkupní právo státu k pozemkům podle § 61 odst. 1,
r) vydává osvědčení o zvláštní odborné způsobilosti podle § 79a odst. 2 písm. b),
s) je odvolacím orgánem proti rozhodnutím vydaným orgány krajů v přenesené působnosti, Agenturou, správami národních parků a Českou inspekcí životního prostředí,
t) uplatňuje stanoviska k návrhům územního rozvojového plánu a zásadám územního rozvoje z hlediska zájmů chráněných tímto zákonem a je dotčeným orgánem při jejich pořizování,
u) zřizuje správy národních parků jako státní příspěvkové organizace40b), pokud nebyly zřízeny jiným zákonem41), a
v) je oprávněno zřídit státní příspěvkovou organizaci za účelem zajištění ochrany, péče a provozu veřejnosti zpřístupněných jeskyní.