2. Druhý význam byl určen zejména ustanoveními § 14 a 15 trestního řádu, z jejichž obsahu a z marginální rubriky „Pravomoc vojenských soudů“ vyplývalo, že vojenskými soudy jsou soudy vykonávající pravomoc podle uvedených ustanovení, tj. nikoli pouze vojenské obvodové a vyšší vojenské soudy, nýbrž i Nejvyšší soud a vrchní soudy, přesněji jejich vojenské senáty. Uvedený druhý význam výrazu „vojenské soudy“ vyplýval i z některých ustanovení zákona č. 335/1991 Sb., ve znění platném ke dni 31. prosince 1993. Jedná se o § 20, podle něhož „vojenské soudy rozhodují o všech trestních věcech příslušníků ozbrojených sil, válečných zajatců a dalších osob, o kterých to stanoví zákon“. Z uvedeného ustanovení vyplývá, že těmito soudy byly nejen vojenské obvodové a vyšší vojenské soudy, nýbrž také vrchní soudy a Nejvyšší soud. Dále ustanovením § 25 odst. 1 písm. b) a d) citovaného zákona, jehož nadpis zněl „Výkon správy vojenských soudů“, byla upravena rovněž správa vojenského kolegia Nejvyššího soudu a vojenských kolegií vrchních soudů.