(14) Provozovatel potravinářského podniku je povinen uhradit náklady, které vznikly v souvislosti s dovozem potravin ze třetích zemí, pokud tak stanoví přímo použitelný předpis Evropské unie upravující dovoz některých potravin ze třetích zemí²⁴). V případě kontroly dovozu spočívající výhradně v kontrole dokladů v souladu s čl. 3 bodem 41 a čl. 79 odst. 4 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2017/625, která trvá nejvýše 1 hodinu, se náklady nehradí. Prováděcí právní předpis stanoví výši paušální částky nákladů vzniklých v souvislosti s dovozem potravin ze třetích zemí. Vyhláška o sazebníku náhrad nákladů⁵⁸) stanoví výši nákladů za laboratorní rozbor kontrolních vzorků, je-li proveden laboratoří orgánu dozoru. O náhradě těchto nákladů rozhodne orgán dozoru. Tato náhrada je příjmem státního rozpočtu, vybírá ji orgán, který ji uložil.