(1) Správu poplatků vykonávají místně příslušné finanční úřady na základě podkladů vydaných Inspekcí; přitom postupují podle zákona o správě daní a poplatků,⁹) pokud tento zákon nestanoví jinak.

(2) Poplatky včetně záloh, penále⁹) a pokut⁷) platí znečišťovatel na účet příslušného finančního úřadu a jsou příjmem Fondu. Výnos poplatků a jejich příslušenství včetně záloh, vybraná penále a pokuty převádí příslušný finanční úřad na účet Fondu měsíčně.