(2) V průběhu pobytu na území na vízum k pobytu nad 90 dnů nebo na povolení k dlouhodobému pobytu vydané za jiným účelem může výzkumný pracovník žádost o povolení k dlouhodobému pobytu za účelem vědeckého výzkumu podat na území ministerstvu. Žádost o povolení k dlouhodobému pobytu za účelem vědeckého výzkumu může na území ministerstvu podat také držitel povolení k dlouhodobému pobytu vydaného jiným členským státem Evropské unie za účelem vědeckého výzkumu, který hodlá na území přechodně pobývat za účelem vědeckého výzkumu po dobu delší než 1 rok. Žádost nelze na území ministerstvu podat, pokud cizinec na území pobývá na vízum k pobytu nad 90 dnů za účelem strpění pobytu na území nebo na povolení k dlouhodobému pobytu za účelem strpění pobytu na území; to neplatí, jde-li o cizince, který na území pobýval na vízum k pobytu nad 90 dnů za účelem strpění pobytu podle § 33 odst. 1 písm. a) až c) nebo § 33 odst. 3 a následně na území pobývá na základě povolení k dlouhodobému pobytu za účelem strpění pobytu vydaného podle § 43, pobývá-li na území po dobu nejméně 3 let. Žádost dále nelze na území ministerstvu podat, pokud cizinec na území pobývá na vízum k pobytu nad 90 dnů za účelem sezónního zaměstnání.