(2) Pokud státní organizace, na kterou se vztahuje odstavec 1 a nejde přitom o ústřední orgán, okresní úřad nebo školský úřad, na základě zvláštního právního předpisu sama zřídila přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona státní rozpočtovou organizaci nebo státní příspěvkovou organizaci, je takto zřízená státní rozpočtová organizace nebo státní příspěvková organizace vnitřní organizační jednotkou organizační složky. Postavení a právní režim státních příspěvkových organizací zřízených na základě zvláštního právního předpisu⁷⁵) Kanceláří prezidenta republiky a Akademií věd České republiky upravují zvláštní právní předpisy a tento zákon (§ 54 až 56).