6. Nynější právní úprava totiž ve svých důsledcích znamená, že v procesu provádění bezpečnostní prověrky dochází ke značné koncentraci moci u jediného orgánu exekutivy, přičemž jeho rozhodnutí může citelně zasáhnout do individuální sféry prověřované osoby. Úřad provádějící bezpečnostní prověrku, jehož úkolem je ověření podmínek pro vydání osvědčení - a který tedy v tomto směru realizuje určitou „službu“ státu a jednoznačně reprezentuje jeho zájmy - totiž zároveň rozhoduje o vydání správního rozhodnutí i o opravném prostředku proti němu. Za situace, kdy neexistuje přezkum nezávislým a nestranným orgánem, je prověřovaná osoba prakticky podrobena vůli jediné instituce, kterou již z povahy věci nelze považovat za nezávislou či nestrannou (srov. též např. ustanovení § 7 odst. 2 a 3 zákona č. 148/1998 Sb.). Je proto zřejmé, že napadená zákonná úprava (tj. § 73 odst. 2 zákona č. 148/1998 Sb.) v zásadě odporuje samotnému smyslu čl. 36 odst. 2 Listiny (a ostatně i čl. 6 odst. 1 Úmluvy a čl. 4 Ústavy), jenž spočívá v tom, že rozhodování o zásadních otázkách týkajících se individuální sféry jedince, prováděné správním orgánem, musí být podrobeno přezkumu nezávislým a nestranným orgánem, kterým je zpravidla soud. Ústavní soud se proto nemůže - v obecné poloze - ztotožnit s právním názorem BIS obsaženým v jejím vyjádření k návrhu, podle něhož by případný soudní přezkum v této oblasti byl v rozporu s principem dělby moci. Podle mínění Ústavního soudu je totiž zapotřebí pečlivě odlišovat mezi rozhodováním o tom, kdo bude osvědčen a určen ke styku s utajovanými informacemi, což skutečně přísluší moci exekutivní, a mezi případnou soudní kontrolou tohoto procesu, což - z ústavněprávního hlediska - může vykonávat toliko nezávislá moc soudní. Ústavní soud respektuje skutečnost, že s ohledem na specifika a význam rozhodování ve věcech utajovaných skutečností, kdy je velmi zřetelný bezpečnostní zájem státu, není možné vždy garantovat všechny běžné procesní záruky spravedlivého procesu (např. veřejnost jednání). Nicméně i v tomto typu řízení je úkolem zákonodárce umožnit zákonnou formou realizaci přiměřených záruk na ochranu soudem (či jiným nezávislým a nestranným tribunálem ve smyslu čl. 6 odst. 1 Úmluvy) byť - podle povahy věci a s přihlédnutím k charakteru příslušné funkce - na ochranu i značně zvláštní a diferencovanou.
Ústavní soud při posouzení ústavnosti vyloučení soudního přezkumu podle napadeného ustanovení nemohl přehlédnout ani celkový kontext zákona č. 148/1998 Sb. To znamená, že vyloučení soudního přezkumu je nutno z ústavněprávního hlediska vnímat ještě citlivěji za existující právní situace, kdy rozhodování o vydání osvědčení je upraveno specifickým nestandardním procesním způsobem, než kdyby dotčená fyzická osoba měla i jiné možnosti ochrany svých práv.