II. Do uznaných nákladů nelze zahrnout především zisk, daň z přidané hodnoty, a to jen u příjemců, kteří jsou plátci daně z přidané hodnoty a uplatňují odpočet daně z přidané hodnoty nebo jeho poměrnou část,²⁸) náklady na marketing, prodej a distribuci výrobků, úroky z dluhů, náklady na finanční pronájem a pronájem s následnou koupí převyšující povolenou výši podpory (leasing) a další závazky, které nesouvisejí s řešením projektu. Způsob evidence na základě zvláštního právního předpisu⁶) stanovuje příjemce.