2. V úvodním tříletém období může Česká republika částečně využít pomoci Společenství při úhradě příspěvku Agentuře, přičemž v 1. roce bude příspěvek Phare činit maximálně 75 %, v 2. roce 60 % a 50 % v 3. roce. Vzhledem k samostatným postupům v programu Phare budou požadované finanční prostředky Phare převedeny České republice na základě samostatné dohody o financování (Financing Memorandum).
Zbývající část příspěvku bude hrazena Českou republikou. Počínaje čtvrtým rokem bude Česká republika plně pokrývat celkové náklady své účasti v Agentuře.