(1) Ústav provádí správní řízení a vykonává jiné správní činnosti, odborné a zkušební úkony a kontrolní a dozorové činnosti podle zvláštních zákonů,⁴)^,20) a to na úseku

(2) Ústav na úseku nakládání s geneticky modifikovanými organismy a produkty podle zákona o nakládání s geneticky modifikovanými organismy⁵) provádí státní odbornou kontrolu, kontrolu a zkoušky těchto organismů a produktů a sleduje účinnost geneticky modifikovaných organismů využívaných k ochraně rostlin a rezistenci škodlivých organismů k produktům geneticky modifikovaných organismů. V případě zjištění porušení stanovených povinností Ústav podává podnět České inspekci životního prostředí k zahájení správního řízení a informuje o tom Ministerstvo životního prostředí. Ústav dále provádí pro Státní zemědělský intervenční fond odborné a kontrolní činnosti v oblasti pěstování geneticky modifikovaných odrůd podle zákona o zemědělství^4a).

(3) Ústav dále plní úkoly vyplývající pro něj z přímo použitelných předpisů Evropské unie, zejména vykonává úřední kontrolu²⁸) a dozor nad plněním povinností vyplývajících pro fyzické a právnické osoby z těchto přímo použitelných předpisů Evropské unie.

(4) Ústav dále provádí kontrolní a dozorové činnosti podle zákona o ekologickém zemědělství²¹) a podle zákona o zemědělství^4a) v souladu s předpisy Evropské unie v rozsahu stanoveném podle zvláštního zákona²⁰) a v rámci své působnosti je orgánem dozoru podle nařízení Evropské unie upravujícího akreditaci a dozor nad trhem²²).

(5) Ústav dále provádí kontroly podmíněnosti podle zákona o zemědělství^5c) v souladu s přímo použitelným předpisem Evropské unie upravujícím prováděcí pravidla pro podmíněnost, odlišení a integrovaný administrativní a kontrolní systém^5d). Ústav dále také provádí tyto kontroly podmíněnosti v oblasti povrchových nebo podzemních vod.

(6) Ústav dále kontroluje řádné vedení systému náležité péče podle jiného právního předpisu²⁹) v rozsahu své působnosti.

a) vinohradnictví,

b) krmiv,

c) odrůd, osiv a sadby pěstovaných rostlin,

d) ochrany chmele,

e) hnojiv, pomocných půdních látek, pomocných rostlinných přípravků a substrátů, upravených kalů a sedimentů,

f) monitoringu zemědělských půd a agrochemického zkoušení zemědělských půd,

g) ochrany práv k odrůdám rostlin,

h) rostlinolékařské péče.