2. Cílem programu je splnění požadavku dodržovat nejpozději od 1. ledna 2008 v České republice množství emisí na úrovni odpovídající emisním limitům pro nové zvláště velké zdroje stanovené pro NO_x, SO2 a tuhé znečišťující látky v bodu 1 písm. B, bodu 2 písm. B a bodu 3 písm. B přílohy č. 1 k tomuto nařízení. Program stanovuje cíl snížit celkové roční emise oxidů dusíku (NO_x), oxidu siřičitého (SO₂) a tuhých znečišťujících látek ze všech stávajících zvláště velkých zdrojů na území České republiky na úroveň, které by bylo dosaženo uplatněním emisních limitů pro nové zdroje na stávající zdroje v provozu v roce 2000 na základě průměrných hodnot skutečné roční doby provozu, použitého paliva a tepelného příkonu za posledních 5 let provozu do roku 2000 včetně. Takto vypočtené roční emise uvedených znečišťujících látek u zdroje jsou stanoveny provozovateli podle § 5 odst. 6, 7, 9 a 11 zákona při schvalování plánu jako emisní stropy, které představují cíl plánu. V důsledku uzavření zdroje zařazeného do programu nesmí dojít ke zvýšení celkových ročních emisí zbývajících zdrojů, které jsou součástí programu.V rámci programu nesmí za žádných okolností dojít k osvobození zařízení od povinnosti dodržovat ustanovení příslušných právních předpisů upravujících ochranu ovzduší. I po datu 1. ledna 2008 jsou provozovatelé povinni plnit emisní limity platné u zdrojů ke dni 31. 12. 2007 podle příloh č. 1 a č. 2 k tomuto nařízení.