1. Ústavní soud především konstatuje, že čl. 16 odst. 2 Listiny upravuje právo církví a náboženských společností spravovat své záležitosti, zejména ustavovat své orgány, ustanovovat své duchovní a zřizovat řeholní a jiné církevní instituce nezávisle na státních orgánech. Jedná se tedy o základní právo, kterým disponují církve a náboženské společnosti jako specifické právnické osoby (viz např. usnesení Ústavního soudu České republiky sp. zn. IV. ÚS 171/97, Sbírka nálezů a usnesení, sv. 12, str. 468; obdobně též usnesení Ústavního soudu Slovenské republiky z 10. 10. 1995 sp. zn. II. ÚS 128/95, Zbierka nálezov a uznesení Ústavného súdu Slovenskej republiky 1995, Košice, 1996, str. 322 a násl.). Obsahem tohoto práva je právo na autonomii, tzn. právo na nezávislost na státu při správě svých záležitostí. Garance svobodné organizace a správy vlastních záležitostí totiž představuje nezbytný předpoklad pro svobodu náboženského života a působení církve, vyžadující pro zachování jejích úkolů svobodu stanovení organizace, prosazování norem a správy (viz např. nález německého Spolkového ústavního soudu BVerfGE 70/138). Rovněž stanovisko odborné literatury vychází z toho, že čl. 16 odst. 2 Listiny nevylučuje a předpokládá vykonávání vnějšího státního dohledu z hlediska zachovávání zákonů v těchto zvláštních sdruženích, „aby byly chráněny hodnoty uvedené v odst. 4 tohoto článku. Taková zákonná úprava vztahu státu k těmto sdružením by však nemohla omezit nezávislost církví a náboženských společností, pokud jde o zřizování jejich orgánů a jiné otázky vnitřního života“ (V. Pavlíček a kol.: Ústava a ústavní řád České republiky, 2. díl - Práva a svobody, Linde, 1996, str. 154).