2. Ministerstvo kultury ve svém vyjádření k návrhu - v této souvislosti - uvádí, že je nutno odlišovat různé oblasti působení církví a náboženských společností a že tento právní režim je třeba odlišovat od individuálních práv a svobod občanů, neboť prý „právní úprava církví a náboženských společností není určena k úpravě individuálních práv občanů nebo každého člověka v oblasti víry a náboženského vyznání.“. Ministerstvo kultury zároveň zastává názor, že navrhovatelé nesprávně a účelově směšují pojmy „církevní instituce“ a „církevní právnická osoba“, kdy prý napadený zákon respektuje právo církví a náboženských společností zřizovat církevní instituce bez právní subjektivity; extenzivní výklad Listiny ve smyslu autonomního zřizování církevních právnických osob však údajně „porušuje ústavní princip suverenity státu.“