(1) V čele Generálního ředitelství cel je generální ředitel, kterým může být pouze celník. Generálního ředitele na toto služební místo ustanovuje, řídí ho a ze služebního místa odvolává ministr financí (dále jen „ministr“). Generálního ředitele zastupuje zástupce generálního ředitele. Zástupcem generálního ředitele může být pouze celník. Zástupce generálního ředitele na toto služební místo ustanovuje a z něj odvolává ministr na návrh generálního ředitele.

(2) Generální ředitelství cel je účetní jednotkou.¹⁰) Příjmy a výdaje Generálního ředitelství cel jsou obsaženy v rozpočtu kapitoly Ministerstva financí.¹¹)

(3) Generální ředitelství cel je pověřeným celním orgánem, který ve věcech vymezených právním předpisem upravujícím trestní řízení¹²) vystupuje v postavení policejního orgánu (dále jen „pověřený celní orgán“), jde-li o případy celostátního nebo mezinárodního významu.

(4) Generální ředitelství cel

a) se podílí na přípravě návrhů právních předpisů v oblasti celnictví,

b) řídí celní ředitelství,

c) metodicky řídí i celní úřady v oblasti výkonu dohledu a kontroly,¹³) celního hodnocení, zajišťování celního a daňového dluhu, celní politiky, sazebního zařazení zboží a integrovaného tarifu, správy cel a daní, pátrání po zboží uniklém nebo odňatém dohledu celních orgánů, správního trestání, následných kontrol, analýzy rizik, mezinárodní spolupráce, obchodu uvnitř Společenství, zabezpečování kontrolních nebo asistenčních činností a placení peněžitých plnění,

d) rozhoduje, ve kterých věcech v oblasti celnictví jde o případy celostátního nebo mezinárodního významu,

e) rozhoduje o zřízení svobodného pásma nebo svobodného skladu,

f) zabezpečuje sběr a zpracování údajů o zboží, kterému bylo přiděleno celně schválené určení,¹⁴) o vybraných výrobcích, u kterých vznikla daňová povinnost ke spotřební dani, a o obchodu uvnitř Společenství,

g) vede centrální evidenci o kontrolovaném zboží,¹⁵) nestanoví-li zvláštní právní předpis jinak,¹⁶) další evidence a statistiky nezbytné pro plnění úkolů celní správy, včetně evidencí a statistik potřebných pro zajištění převodů cla a daní, a spravuje další informační systémy nezbytné pro plnění svých úkolů,

h) odpovídá za řádné fungování celního informačního systému v České republice a přijímá opatření nezbytná pro zajištění dodržování příslušných právních předpisů při jeho využití a pro zachování jeho bezpečnosti,

i) zadává údaje do celního informačního systému, má přímý přístup k údajům v něm obsaženým, nahlíží do těchto údajů, pořizuje z nich kopie a provádí změnu, doplnění, opravu nebo výmaz údajů, které jím byly do celního informačního systému zadány,

j) plní funkci centrální analytické jednotky pro účely analýzy rizik,

k) drží, skladuje a používá nebezpečné látky a věci pro potřeby výuky, výcviku, zkoušek a expertizní činnosti, nestanoví-li zvláštní právní předpis jinak.¹⁷) Nebezpečnými látkami a věcmi se rozumí zejména výbušniny, výbušné předměty, omamné a psychotropní látky, prekurzory a pomocné látky, jedy, padělky peněz, známek a cenných papírů (dále jen „nebezpečné látky a věci“),

l) zabezpečuje laboratorní zkoumání a analýzu vzorků zboží pro celní a daňové účely,

m) doručuje písemnosti a oznamuje rozhodnutí celních orgánů jiných států, stanoví-li tak mezinárodní smlouva, která je součástí právního řádu (dále jen „mezinárodní smlouva“), a na základě mezinárodních smluv spolupracuje s celními orgány jiných států a s mezinárodními organizacemi v oblasti celnictví i v dalších věcech,

n) zajišťuje speciální vzdělávání v oblasti celnictví pro potřeby celních orgánů,

o) vytváří podmínky pro zajištění pracovnělékařských služeb pro celníky a občanské zaměstnance v celní správě.

(5) Generální ředitelství cel dále

a) rozhoduje o udělení povolení být ručitelem a vydávat celní doklady a doklady o ručení podle mezinárodní smlouvy,¹⁸)

b) rozhoduje o individuálním zajištění celního dluhu ručením s použitím záručního dokladu,

c) spravuje daně v rozsahu a způsobem stanoveným právním předpisem upravujícím správu daní,¹⁹)

d) spravuje cla v rozsahu a způsobem stanoveným právním předpisem upravujícím správu daní,¹⁹) pokud zvláštní právní předpis²⁰) nestanoví jinak, a převádí cla podle právních předpisů Evropských společenství,

e) přezkoumává podle zvláštních právních předpisů²¹) rozhodnutí vydaná celními ředitelstvími,

f) plní funkci ústředního úřadu zajišťujícího výměnu informací mezi členskými státy navzájem a mezi členskými státy a Komisí Evropských společenství v řízení o vydání jednotného povolení nebo integrovaného povolení^21a),

g) plní další úkoly, stanoví-li tak zvláštní právní předpisy.

(6) V případech celostátního nebo mezinárodního významu Generální ředitelství cel

a) řídí celní úřady,

b) plní funkci národní koordinační jednotky pro vzájemnou pomoc a spolupráci se státními orgány jiných států a mezinárodními organizacemi v celních věcech,

c) v rámci plnění mezinárodních smluv provádí způsobem stanoveným zvláštním právním předpisem²²) dohled nad osobami, o kterých existují závažné důvody pro domněnku, že porušily celní předpisy druhé smluvní strany, a nad dopravními prostředky a kontejnery, o kterých existují závažné důvody pro domněnku, že byly, jsou nebo mohou být použity v rozporu s celními předpisy druhé smluvní strany, provádí dohled nad pohybem zboží, o kterém je známo, že by mohlo způsobit podstatné porušení celních předpisů druhé smluvní strany, a nad místem, o kterém je známo, že je spojeno s porušováním celních předpisů druhé smluvní strany,

d) po dohodě s celními orgány jiných států přijímá nezbytná opatření umožňující, aby se s vědomím a pod kontrolou celních orgánů nezákonné nebo podezřelé dodávky se zbožím, například s omamnými nebo psychotropními látkami, prekurzory, pomocnými látkami nebo látkami je nahrazujícími, dostaly na místo určení v neporušené formě nebo úplně nebo částečně zaměněné, a plní další úkoly vyplývající z mezinárodních smluv o spolupráci a pomoci v celních věcech s celními orgány smluvních států a mezinárodními organizacemi a z dalších mezinárodních smluv,

e) pátrá po zboží uniklém nebo odňatém dohledu celních orgánů a zjišťuje osoby, které zboží tomuto dohledu¹³) odňaly nebo se tohoto odnětí zúčastnily, anebo toto zboží získaly,

f) jde-li o případy nezákonného dovozu nebo vývozu zboží, provádí úkony, které podle tohoto zákona nebo zvláštních právních předpisů náleží celním ředitelstvím nebo celním úřadům,

g) provádí kriminalisticko-technické zkoumání, kriminalistické analýzy a rozbory pro potřeby celní správy,

h) shromažďuje, zpracovává a poskytuje osobám oprávněným podle zvláštního právního předpisu²³) informace nezbytné pro předcházení, odhalování a stíhání porušení celních předpisů a přijímá další s tím spojená nezbytná opatření.

(7) Rozhodnutí, které vydalo Generální ředitelství cel ve správním řízení, přezkoumává podle zvláštních právních předpisů²¹) Ministerstvo financí.