e) Hodnocení mikroorganismu se provádí v souborech.
První soubor (Soubor I) zahrnuje dostupné základní informace a základní studie, které musí být provedeny pro všechny mikroorganismy. Rozhodování o vhodném testovacím programu se provádí případ od případu na základě expertního posudku. Nově získané údaje z konvenčních toxikologických a/nebo patologických pokusů na laboratorních zvířatech se obvykle vyžadují v případě, kdy na základě dřívějších informací nemůže žadatel prokázat, že použití mikroorganismu, za navrhovaných podmínek použití, nebude mít žádné škodlivé účinky na zdraví člověka a zvířat. Až do přijetí specifických metod na mezinárodní úrovni se požadované informace musí získat za použití dostupných metod (např. metod USEPA OPPTIS).
Studie Souboru II musí být provedeny, jestliže testy podle Souboru I prokázaly nepříznivé účinky na zdraví. Typ prováděné studie závisí na účincích pozorovaných u studií Souboru I. Před prováděním těchto studií si žadatel vyžádá souhlas kompetentních úřadů s typem studie, která má být provedena.