A. Poslanecká sněmovna Parlamentu České republiky, zastoupená předsedou PhDr. Lubomírem Zaorálkem, ve svém vyjádření ze dne 26. 7. 2004 uvedla, že argumentům navrhovatele nemůže dát za pravdu. Předně dala na zvážení, zda navrhovatel postupoval v souladu s čl. 95 odst. 2 Ústavy, podle kterého lze postupovat pouze tehdy, dojde-li obecný soud k závěru, že zákon, který má být aplikován, je v rozporu s ústavním pořádkem. Pojem ústavního pořádku je v Ústavě taxativně vymezen a mezinárodní smlouvy nezahrnuje. Navrhovatel však opakovaně požaduje posouzení otázky, zda Kolegium splňuje požadavky stanovené Úmluvou. Bez ohledu na výše uvedené okolnosti však Poslanecká sněmovna nesouhlasí se závěrem navrhovatele, podle něhož Kolegium není nestranným a nezávislým tribunálem, jak jej má na mysli čl. 6 Úmluvy. Judikatura ESLP podle Poslanecké sněmovny posuzuje nezávislost určitého tribunálu dle individuálních okolností a jakékoli závěry nelze paušalizovat, což má dokládat i navrhovatelem zmíněný případ Incal proti Turecku, kdy se soudci těsnou většinou přiklonili k závěru o nedostatku nezávislosti soudu složeného z aktivních armádních důstojníků, který posuzoval činy spáchané civilisty. Poslanecká sněmovna konstatovala, že není důvod zpochybňovat subjektivní nezávislost členů Kolegia s tím, že Kolegium splňuje i kritéria objektivní nezávislosti.
I kdyby nebylo ze zákona o státním zastupitelství vypuštěno tzv. hodnocení odborné způsobilosti, nebylo by možné z mechanismu provádění hodnocení dovozovat závěr o narušení nezávislosti Kolegia. Plnění úkolů člena Kolegia nemohlo být předmětem hodnocení odborné způsobilosti. Zákonnou formulaci, podle níž se výkon funkce člena Kolegia považuje za výkon funkce státního zástupce, nutno chápat „pouze jako zákonnou garanci uznání činnosti vykonané státním zástupcem v Kolegiu ..., kdyby této formulace nebylo, byl by státní zástupce nucen vykonávat funkci člena Kolegia ve svém volném čase“. Dále Poslanecká sněmovna poukázala na neexistenci služební subordinace člena Kolegia ve vztahu k nejvyššímu státnímu zástupci (zejména § 7a odst. 4 zákona o státním zastupitelství). Kritéria nezávislosti tribunálu formulovaná ESLP nelze aplikovat mechanicky. Samotný fakt jmenování ze strany exekutivního orgánu nelze považovat za ohrožení nezávislosti a nestrannosti Kolegia. Nakonec i výběr a jmenování soudců zajišťují a provádějí exekutivní orgány.
Je skutečností, že funkční období členů Kolegia je dvouleté, což by mohlo být vykládáno jako znak existenční a rozhodovací závislosti jeho členů. Ve specifickém případě členů Kolegia tomu tak není. Jeho členové, jako státní zástupci působící u Nejvyššího státního zastupitelství, jsou osobami požívajícími všeobecné vážnosti, se stabilním zaměstnáním neodvislým od výkonu funkce v Kolegiu. Výkon funkce nepřináší žádné materiální výhody ani jiný prospěch. Člen není materiálně motivován, aby ve své funkci setrval, a členství naopak znamená dodatečnou pracovní zátěž a omezení možnosti věnovat se běžné agendě. Pokud člen Kolegia svou funkci vykonává, „činí tak pouze z pocitu zodpovědnosti za naplňování zákona o ochraně utajovaných skutečností“. Poslanecká sněmovna zdůraznila, že zásadně odmítá myšlenku, že by ze strany exekutivy mohl být v jednotlivých případech vyvíjen nátlak na členy Kolegia, aby určitým způsobem rozhodovali. Neexistuje způsob, jak vyvinout na člena Kolegia účinný nátlak, aby určitým způsobem rozhodoval. Eventuální neprodloužení funkčního období člena nijak nepoškozuje, naopak je spíše zbaven pracovního zatížení. Členství v Kolegiu je spíše morální volbou než aktem, který by zlepšil kariérní či materiální postavení. Nelze se rozumně domnívat, že by se některý člen Kolegia nechal při výkonu funkce ovlivňovat nebo se podvoloval jakémukoli nátlaku. Nelze proto hovořit o objektivně opodstatněných pochybnostech o nezávislosti Kolegia, jak to požaduje judikatura ESLP.
V závěru svého vyjádření předseda Poslanecké sněmovny dodal, že platná právní úprava je poznamenána rysem provizornosti, kdy samotná existence Kolegia je závislá na rozhodnutí jednotlivých státních zástupců, aby se stali členy, resp. aby v Kolegiu setrvali, k čemuž je nelze nutit. V době přijetí se nepředpokládalo, že úprava bude platit trvale. Zákon měl pozbýt platnosti dne 31. 12. 2003 a v současné době je platnost prodloužena do dne 30. 6. 2005. Provizorní úprava řešila situaci, která nastala po přijetí nálezu sp. zn. Pl. ÚS 11/2000, kdy měl být po zrušení části ZOUS poskytnut vládě dostatečný časový prostor pro přípravu zcela nové právní úpravy ochrany utajovaných skutečností a postupu bezpečnostního prověřování. I proto bylo funkční období členů Kolegia dvouleté. Navzdory možným věcným nedostatkům Poslanecká sněmovna nesdílí názor, že úprava postavení Kolegia a řízení před ním není v souladu s ústavním pořádkem, resp. s čl. 6 Úmluvy.