B. Senát Parlamentu České republiky, zastoupený předsedou doc. JUDr. Petrem Pithartem, ve svém vyjádření ze dne 30. 7. 2004 uvedl, že v Senátu, který byl dobře obeznámen s nálezem Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 11/2000, nakonec převážil názor, že návrh na zavedení odvolacího prostředku ke Kolegiu je právně dostatečným a účelným řešením kolize zájmu na bezpečnosti a záruk spravedlivého procesu. Některé pochybnosti o vhodnosti tohoto řešení rozptylovali zastánci popisovaného názoru poukazem na omezenou platnost zákona s tím, že v daném období roku a půl bude moci být předmětná konstrukce zdokonalena nebo nahrazena jinou. Předmětný návrh zákona byl Senátem vrácen Poslanecké sněmovně z jiných důvodů.
Na okraj Senát poznamenal, že kritéria posuzování míry nezávislosti a nestrannosti soudu (tribunálu) nastavená teorií ústavního práva a judikaturou ESLP a Ústavního soudu považují za základ nezávislosti soudů demokratické prostředí, rozdělení moci a nezbytné existenční (hmotné) zabezpečení soudců. Vlastní nezávislost soudců se zaručuje jejich exkluzivním jmenováním bez zásadního vlivu vlády a legislativy (v České republice prezidentem republiky), časově mnohaletým (neomezeným) mandátem soudce, zaručením odolnosti vůči možnosti dostávat instrukce pro výkon soudcovské funkce (neodvolatelnost, nepřeložitelnost apod.). Nestrannost soudců je pak spojována s vyloučením podjatosti (k osobám a věcem), neslučitelností funkce soudce s jinými funkcemi a jinou výdělečnou činností a se zárukami k vyloučení všech legitimních pochybností o nestrannosti. V subjektivní rovině nestrannosti je vyžadována důvěryhodnost a autonomní rozhodování (slibem se soudce zavazuje rozhodovat podle svého „vědomí a svědomí“). Zvenčí se zajišťuje nestrannost zákazem jejího ohrožování (např. zákazem zasílání peticí soudům). Při porovnání daných kritérií s úpravou požadavků na zabezpečení nezávislosti a nestrannosti Kolegia a statusu státního zástupce Nejvyššího státního zastupitelství jako člena Kolegia nebyly Senátem shledány kvantitativně významné diference. Jistým kvalitativním nedostatkem nezávislosti Kolegia je podle Senátu jmenování v působnosti vlády a rámcové začlenění do vztahů státního zastupitelství, a tedy exekutivy, „i když v dalších uvažovaných vazbách se může tento požadavek poněkud relativizovat“.
Senát upozornil, že podle judikatury Ústavního soudu obsahuje Listina některá základní práva, jež jsou svou povahou sociálními hodnotami plnícími funkci spíše jen ideálně typických kategorií vyjadřujících cílové představy. Právo na svobodné povolání patří k těmto právům. Zatímco právo na bezpečí, život a zdraví jsou základními právy bez dalšího, u práva na svobodnou volbu povolání je předpokládána jeho konkretizace zákonem. Z tohoto pohledu se Senátu jeví omezení přístupu k obecným soudům ve věcech bezpečnostních prověrek ústavně konformním, může-li být tímto způsobem chráněno hodnotově vyšší právo. Vlastnosti dané materie nejsou kompatibilní s obvyklou soudní praxí. Bezpečnostní prověrka není vždy založena na nepochybných důkazech, vzniká často na základě velmi volné úvahy podle pravidla „v pochybnostech v neprospěch posuzované osoby“. Přezkum rozhodnutí má především vyloučit hrubý subjektivismus či zlovůli „v podstatě rozhodnutí“. Utajované skutečnosti probírané při přezkumu musí být zároveň efektivně chráněny. Senát upozornil, že vyslovil-li ESLP porušení čl. 6 Úmluvy v oblasti požadavků na nezávislost a nestrannost soudu, šlo v zásadě vždy o trestní soudy či orgány, které aplikovaly trestní právo (srov. Incal proti Turecku, Findlay proti Spojenému království). Přezkum rozhodnutí o nevydání osvědčení k práci s utajovanými skutečnostmi není ve srovnatelné poloze závažnosti.