D. Bez vyzvání, resp. na základě aktivity Poslanecké sněmovny zaslal Ústavnímu soudu vyjádření i ředitel Národního bezpečnostního úřadu Mgr. J. M. Ústavnímu soudu je z řízení ve věci sp. zn. Pl. ÚS 41/02 známo, že vláda České republiky zpracování legislativních předloh na úseku utajovaných skutečností vkládá do rukou NBÚ (viz např. návrh nové zákonné úpravy zaslaný Ústavnímu soudu ve věci sp. zn. Pl. ÚS 41/02 nebo usnesení vlády č. 88 ze dne 22. 1. 2003 č. j. 615/2003-NBÚ/80 nebo č. 293 ze dne 31. 3. 2004, viz dokumentový portál www.vlada.cz – v připomínkovém řízení tedy mají názory NBÚ zásadní vliv). Ve světle těchto okolností považoval Ústavní soud za relevantní zabývat se i tímto nevyžádaným vyjádřením. Ředitel NBÚ především uvedl, že navrhovatel mylně považuje Kolegium za správní orgán. Kolegium je orgánem nezávislým a soudní přezkoumávání jeho rozhodnutí se proto jeví nadbytečným. Tento orgán v sobě v maximální možné míře zahrnuje jak nezávislost na výkonném administrativním aparátu (tedy ať již na NBÚ, jeho řediteli nebo na zpravodajských službách), tak nezávislost na jiných orgánech státu, kam je třeba zahrnout i Nejvyšší státní zastupitelství (dále též „NSZ“). Tím jen garantována objektivita rozhodování a nedochází k tomu, že by se s utajovanými skutečnostmi mohla seznámit osoba, o níž se rozhoduje, anebo její právní zástupce. Ochrana utajovaných skutečností je vyvážena ve vztahu k procesnímu postavení osoby, o níž se rozhoduje. Popřením „principu utajení“ může být utajovaná skutečnost předložena osobě nepovolané. Může dojít jak k narušení mezinárodní spolupráce v oblasti zpravodajských služeb a vyšetřovacích orgánů, tak i teoreticky k přímému ohrožení života např. zpravodajských agentů, svědků atd. To je v rozporu s mezinárodními závazky České republiky. „Standardní soudní řízení ve věcech bezpečnostních prověrek včetně neomezeného provádění důkazů hrozí závažným vyzrazením utajovaných skutečností. Teoreticky by bylo dokonce možné, že by soudní spor byl veden určitými osobami čistě za účelem rozkrytí utajovaných skutečností zákonnou cestou.“
V další části vyjádření ředitel NBÚ uvedl obdobné argumenty uplatněné v řízení ve věci nálezu sp. zn. Pl. ÚS 11/2000, která skončila zrušením zákazu soudního přezkumu rozhodnutí ve věcech bezpečnostního prověřování. Rozhodováním o vydání či nevydání osvědčení nedochází podle NBÚ k žádnému zásahu do oblasti základních práv. Ostatně ani Ústavní soud prý nedospěl k závěru, že by takové rozhodování přímo porušovalo právo na svobodnou volbu povolání. Osvědčení jako kladný výsledek bezpečnostní prověrky není ničím jiným, než prokázáním určité zvláštní kvalifikace. Na přístup k utajované skutečnosti není právní nárok, držitel osvědčení může být, opět jen v případech, kdy je k tomu důvod, určen k přístupu k utajované skutečnosti. Pouze stát rozhoduje o tom, co je a není utajovanou skutečností, a „měl by to být proto pouze stát (tzn. státní administrativa), kdo umožňuje k takové skutečnosti přístup.“. Pouze stát by měl posuzovat vhodnost osoby, jíž může být umožněn tento přístup. Kolegium je jakousi nadstavbou nad státní administrativou a zcela supluje postavení soudu. NBÚ dále uvedl, že střetem roviny národní bezpečnosti a roviny lidskoprávní se částečně (sic) zabýval Ústavní soud ve svém nálezu sp. zn. Pl. ÚS 11/2000, kde připustil, že velmi zřetelný bezpečnostní zájem státu může být legitimním ospravedlněním pro určitou míru zásahu do práv jednotlivce. Ústavní soud se však podle NBÚ tohoto konfliktu jen velmi lehce dotkl, spíše jej pouze konstatoval, neposkytl k němu dosud hlubší teoretický rozbor. NBÚ soudí, že Kolegium střet řeší. Naopak vůči soudním přezkumu vznáší zásadní námitku, protože podle § 45 odst. 5 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, v platném znění, (dále též „s. ř. s.“) dojde k vyzrazení utajované skutečnosti osobě, kterou stát nepovažuje za přijatelnou pro seznámení se s utajovanou skutečností (§ 45 odst. 5 s. ř. s.: „Do částí spisu ..., které ... z nahlížení nebyly vyloučeny, smí nahlížet pouze účastník a jeho zástupce, popřípadě též osoba, která se prokáže osvědčením pro příslušný stupeň utajení projednávaných skutečností“; § 45 odst. 4 s. ř. s: „Z nahlížení nelze vyloučit části spisu, ... jimiž byl nebo bude prováděn důkaz soudem. Z nahlížení nelze dále vyloučit ani ty části spisu, do nichž měl účastník právo nahlížet v řízení před správním orgánem.“). Této situaci brání § 36 odst. 8 ZOUS („Jsou-li některé z důvodů nevydání nebo odnětí osvědčení utajovanými skutečnostmi, uvede se v oznámení pouze odkaz na podklady, ze kterých Úřad vycházel.“). Utajení je podle NBÚ v tomto případě legitimní.
Legislativa týkající se prověřování fyzických osob je ve státech EU a NATO svěřena výlučně národním úpravám. Přesto NBÚ upozornil, že plný soudní přezkum není obvyklý. I tam, kde je nejvyšším přezkumným orgánem soud, není umožněno dotčené osobě ani jejímu zástupci, aby se seznámili s výsledky šetření, které bylo podkladem pro nevydání oprávnění, či dokonce pro rozhodnutí o zániku oprávnění. Ve Francii soudu nepřísluší seznámit se s utajovanými skutečnostmi. Byly-li podkladem rozhodnutí, pouze se bez dalšího konstatují. V Dánsku věc přezkoumává ministerstvo spravedlnosti a osobě není dána možnost seznámit se s citlivými skutečnostmi. Soudní žaloba není přípustná. V holandském dvojinstančním soudním řízení jsou procesní práva prověřované osoby zásadně omezena. K utajované či citlivé informaci má přístup výlučně soudce. Slovenská úprava má zakotven soudní přezkum (analogicky jako dříve v České republice podle hlavy páté občanského soudního řádu) bez plné jurisdikce a bez posuzování merita věci. Posuzuje se jen zákonnost postupu bez toho, aniž by byl soud seznámen s utajovanými skutečnostmi. Litevská úprava omezuje procesní práva stejně jako úprava holandská.
V Turecku a Španělsku nemá prověřovaná osoba možnost jakkoli zasahovat do průběhu prověřování, nemá možnost dozvědět se důvody rozhodnutí „a samozřejmě nemá možnost uplatňovat jakékoli námitky či opravný prostředek“. Podobný trend se nyní uplatňuje v Itálii. I tyto země jsou vázány Úmluvou a i v těchto zemích jsou ustanovení obdobná čl. 36 odst. 2 Listiny. V těchto zemích bylo uznáno, že příslušné právní úpravy nejsou v rozporu s právem na spravedlivý proces garantovaným Úmluvou. NBÚ podotkl, že je sice vyloučeno získat komplexní mezinárodní srovnání dané materie, ale princip naznačený v citovaném nálezu Ústavního soudu, tedy omezení procesních práv jednotlivce s (údajně) zřetelnou prioritou ochrany utajovaných skutečností, je obecně v Evropě považován za legitimní. K materii panuje rozdílný přístup. Vývoj západních demokracií historicky nepřinesl zásadní nedůvěru ve státní administrativu, popř. v činnost bezpečnostních složek, resp. občané v důsledku odlišného vnímání správnosti úředních rozhodnutí neprojevují nedůvěru i v takto důležité oblasti, jíž je zajištění bezpečnosti, což dokládá počet opravných prostředků. Ve Spojeném království, Francii či Belgii jde statisticky o několik podání ročně (do deseti), v České republice jich jen loni bylo cca sto. Závěrem NBÚ uvedl, že ustanovení § 77k odst. 6 zákona považuje za souladné s ústavním pořádkem i mezinárodními smlouvami, jimiž je Česká republika vázána.
Ústavní soud se dotázal ředitele NBÚ, (1.) zda se již vyskytly případy, kdy v totožném případě Kolegium rozhodlo o opravném prostředku (§ 77a - 77k ZOUS) jinak než obecný soud o žalobě podané podle § 73 odst. 2 ZOUS, a (2.) v případě, že se tak již stalo, jak NBÚ dále postupoval, resp. které rozhodnutí akceptoval. Na první otázku bylo odpovězeno, že se tak zatím stalo v jednom případě, kdy soud rozhodnutí zrušil, zatímco Kolegium opravný prostředek zamítlo. V ostatních čtyřech případech soud žalobu zamítl. NBÚ však protestoval i proti tomu, že soud zde „nerespektoval překážku věci rozsouzené“, neboť Kolegium považuje za nestranný a nezávislý orgán soudního typu. V případě rozdílných rozhodnutí prý NBÚ neví, které má respektovat. Na druhou otázku NBÚ odpovědět nemohl, protože rozhodnutí, jež založilo rozdílnost, mu ještě nebylo doručeno. Upozornil však, že rozhodnutím Kolegia je výslovně vázán ze zákona (§ 77j odst. 1 ZOUS). Bez další argumentace rovněž upozornil, že zrušení napadeného ustanovení otevře cestu k poškození zájmů České republiky v oblasti kryptografie. Závěrem byly objasněny procedurální otázky bezpečnostního pohovoru, z něhož je vyhotovován protokol. Prověřované osobě, popř. i jejímu právnímu zástupci, jsou sděleny důvody neudělení prověrky. NBÚ sdělil, že je v zásadě lhostejno, jaký orgán bude rozhodnutí přezkoumávat, avšak musí být zabráněno tomu, aby se prověřovaná osoba či její zástupce seznámili s utajovanou skutečností, a je žádoucí, aby řízení proběhlo v pevné lhůtě. Poznamenal rovněž, že čím je menší počet osob, jež se při přezkumu seznámí se spisovým materiálem, tím je menší riziko vyzrazení a tím jsou menší náklady na utajení.
Ústavní soud požádal účastníky řízení o souhlas s upuštěním od ústního jednání (§ 44 odst. 2 zákona o Ústavním soudu), neboť od ústního jednání nebylo možno očekávat další objasnění věci. Poté bylo možno přistoupit k meritornímu projednání věci.