B. Ústavní soud přikročil k analýze nezávislosti a nestrannosti Kolegia na úseku ochrany utajovaných skutečností zřízeného při Nejvyšším státním zastupitelství.
Ústavní soud konstatuje, že (z formálního hlediska) rozhodnutí Kolegia prima facie není rozhodnutím soudním. Státní zastupitelství je ústavně řazeno k výkonné moci (čl. 80 Ústavy je zařazen v její hlavě třetí, vymezující výkonnou moc) a je ústavně zřízeno k zastupování trestní obžaloby. S ohledem na konstatovanou specifičnost oblasti bezpečnostního prověřování se Ústavní soud zabýval otázkou, zda lze Kolegium považovat za soud v materiálním smyslu. Nutno přisvědčit námitkám, že zákon o státním zastupitelství skutečně obsahuje záruky nezávislosti členů Kolegia. Je však třeba dále prověřovat, zda jsou tyto formální záruky naplněny i materiálně, resp. zda postačí pro obranu proti potenciálním vnějším tlakům a zda jsou způsobilé vytvořit obecné přesvědčení o nezávislosti.
Nelze přehlédnout, že členství v Kolegiu akcesoricky vázne na přidělení k Nejvyššímu státnímu zastupitelství; o přidělení rozhoduje ministr spravedlnosti (§ 19 odst. 2 zákona o státním zastupitelství). Nejvyššího státního zástupce, jemuž jsou členové NSZ podřízeni (srov. § 18 odst. 2 zákona o státním zastupitelství, v platném znění), rovněž jmenuje a bez nutnosti udávat důvody (sic!) odvolává vláda (§ 9 odst. 1 a 2 zákona o státním zastupitelství). Členové Kolegia musí být bezpečnostně prověřeni NBÚ (§ 7a odst. 2 věta třetí zákona o státním zastupitelství), prověření je časově omezené na dobu pěti let [§ 37 odst. 1 písm. d) ZOUS] a kdykoli odňatelné [§ 37 odst. 2 písm. b) ZOUS]. Vztah ředitele NBÚ k vládě je vymezen stejně jako u nejvyššího státního zástupce (§ 7 odst. 2 a 3 ZOUS). Ředitel NBÚ je přímo odpovědný ministerskému předsedovi, který je mu služebně nadřízen a dohlíží na činnost úřadu (§ 7 odst. 3 ZOUS). Návrh na zahájení kárného řízení proti státnímu zástupci přidělenému k NSZ podává nejvyšší státní zástupce nebo ministr spravedlnosti [§ 8 odst. 3 písm. a) zákona č. 7/2002 Sb., o řízení ve věcech soudců a státních zástupců, v platném znění]. Tyto právní nástroje objektivně vytvářejí linii umožňující potenciální ovlivnění svobodného úsudku členů Kolegia, na čemž nemohou nic změnit v zákoně obsažené garance formální nezávislosti.
Mandát členů Kolegia je dvouletý (což bylo podle Poslanecké sněmovny spojeno s faktem, že úprava byla považována za dočasnou). Schvalování členů Kolegia provádí vláda na návrh ministra spravedlnosti ad hoc (srov. např. usnesení vlády č. 704 ze dne 14. 7. 2004, kterým vláda schválila kandidáta na předsedu Kolegia s tím, že toto rozhodnutí změnila usnesením č. 898 ze dne 15. 9. 2004, kdy schválila předsedu jiného – srov. na www.vlada.cz). Ostatně i Poslanecká sněmovna ve svém vyjádření uvedla, že „samotná existence Kolegia je závislá na rozhodnutí jednotlivých státních zástupců, aby se stali členy, resp. aby v Kolegiu setrvali, k čemuž je nelze nutit.“. Z tohoto pohledu Kolegium nedostojí nárokům na relativní stálost svého složení, která má znemožnit ovlivnění výsledku rozhodování pomocí změny složení Kolegia, což implikuje, že nemůže dostát nárokům na stabilitu rozhodovacího sboru, jež nalezly výraz v zásadě zákonného soudce (čl. 38 odst. 1 Listiny).
Za zásadní skutečnost rovněž nutno považovat, že členové Kolegia musí být bezpečnostně prověřeni, přičemž toto rozhodnutí může být změněno (§ 36 odst. 5 a 7 ZOUS). Do výběru členů orgánu kontrolujícího řádný průběh bezpečnostního prověřování tak může velmi účinně zasahovat NBÚ, jehož činnost mají kontrolovat, nehledě na to, že zvolená konstrukce vytváří potenciální hrozbu nepřetržité linie selekce, která je zcela v rukou exekutivního orgánu. Závěr, že neexistuje účinná možnost, jak vyvinout nátlak, je v rozporu se samotnou koncepcí prověřování, kdy je mj. zjišťováno, zda neexistují skutečnosti, kterými by nepovolaná osoba mohla ovlivnit budoucí rozhodování prověřovaných osob. Za situace, kdy zákon stojí na obecnými zkušenostmi neprověřené presumpci bezvadnosti práce správních orgánů (zde NBÚ), nelze z hlediska principu brzd a protivah v řízení o kontrole norem přehlížet fakt, že NBÚ jako exekutivní orgán má, díky koncentraci citlivých informací osobního charakteru, pozoruhodný mocenský potenciál. To jen zvyšuje naléhavost skutečně nezávislé kontroly umožňující prověření jak řádného výkonu pravomocí při bezpečnostním prověřování, tak např. zjistit, zda nejsou utajovány skutečnosti, jež není potřeba tajit (tj., zda není taxonomie utajování nadměrně přísná a zda je omezování práv skutečně nezbytné).
V kontextu projednávané věci, která je nahlížena z pohledu nutného vyvážení veřejného zájmu na bezpečnosti s ochrannou individuálních práv a svobod, nelze pomíjet, že státní zástupci jsou zákonem a slibem osobně zavázáni k ochraně veřejného zájmu (§ 18 odst. 3 zákona o státním zastupitelství), což může vést k legitimní pochybnosti o jejich nestrannosti při posuzování střetu základních práv a svobod s veřejným zájmem na bezpečnosti chráněným v daném případě utajováním. Ostatně státní zástupci v trestním řízení (zejména v případě přípravného řízení a u vazeb) procesně těží z utajení, protože mají oproti obhajobě přístup i k těm částem spisu, které jsou v režimu vyhrazené. Jejich postoj k prospěšnosti a míře utajení není neutrální. Tyto aspekty možného střetávání zájmů u soudců běžně eliminuje uplatňování principu neslučitelnosti výkonu funkce. U tribunálů sui generis je zajišťováno takové složení tribunálu, které uplatnění různých, většinou neuvědomovaných, zájmů neutralizuje svou heterogenností (u nás např. § 5 zákona č. 7/2002 Sb., o řízení ve věcech soudců a státních zástupců).
Také z důvodové zprávy k zákonu č. 310/2002 Sb. vyplývá, že přezkum Kolegiem nebyl do zákona včleněn proto, aby byl zajištěn soudní přezkum správních rozhodnutí vydaných při bezpečnostním prověřování osob, nýbrž kvůli zvýšení důvěryhodnosti a objektivnosti exekutivního bezpečnostního prověřování: „...negativní rozhodnutí NBÚ má velmi závažné dopady na profesní, ale i osobní život prověřované osoby, navrhovatelé jsou přesvědčeni, že je nutno do celého systému bezpečnostních prověrek vnést vnější kontrolní prvek v podobě nezávislého odvolacího orgánu, který bude oprávněn rozhodnutí NBÚ přezkoumat. Zřízení nezávislého kontrolního orgánu navíc vnese do procesu bezpečnostních prověrek vyšší stupeň důvěryhodnosti a objektivnosti, než tomu bylo dosud, aniž by současně celý proces výrazně časově či jinak komplikovalo.“ (Důvodová zpráva návrhu poslanců F. O., P. N. a I. L. ze dne 10. 7. 2001; srov. i Šimíček V., „Přezkum rozhodnutí o nevydání bezpečnostního osvědčení“ in Dančák, B., Šimíček,V., Bezpečnost České republiky, MPÚ, Brno, 2002, str. 150).
Na otázku, zda je Kolegium orgánem, který je i při respektování specifik bezpečnostního prověřování ještě schopen vést spravedlivý proces, musel Ústavní soud ve světle shora uvedeného odpovědět záporně. (Ústavní soud proto shledal nadbytečným zabývat se kvalitou procesních garancí v řízení před Kolegiem). Nelze konstatovat, že pochyby o nezávislosti a nestrannosti Kolegia tvořeného státními zástupci nejsou legitimní. Členové Kolegia nemají institucionálně vytvořeny podmínky pro náležitou distanci od orgánů výkonné moci. Tento závěr platí objektivně a není třeba konkrétně prokazovat, jak lze na členy Kolegia účinný nátlak vyvinout. Pro úplnost nutno dodat, že rozhodovací volnost členů Kolegia není podepřena stejnou trestněprávní ochranou, jako je tomu u soudců (§ 169a trestního zákona). Jestliže Senát a Poslanecká sněmovna považují přezkum Kolegiem za dostatečný (resp. NBÚ považuje soudní přezkum za zbytečný), nutno připomenout, že čl. 36 odst. 2 Listiny zaručuje přezkum správního rozhodnutí soudy, což nemusí nutně ve všech případech představovat instituce začleněné do soudní soustavy, nicméně musí jít o instituce, které naplňují základní záruky nestrannosti a nezávislosti a které dodržují zásady spravedlivého procesu. Kolegium však za soud považovat nelze, a to ani v materiálním pojetí, neboť pochybnosti o nezávislosti vznikají strukturálně v objektivní rovině, čímž se však zároveň nijak nezpochybňuje ani nezávislost státních zástupců plnících úkoly veřejné žaloby, ani se tím nijak nezpochybňují profesní a lidské kvality stávajících či minulých členů Kolegia.