(1) Veřejná výzkumná instituce je zařazena v rámci účetních jednotek podle zvláštního právního předpisu²⁷) mezi jiné právnické osoby, jejichž hlavní činností není podnikání.

(2) Veřejná výzkumná instituce vede účetnictví podle zvláštních právních předpisů²⁸), nestanoví-li tento zákon jinak.

(3) O způsobilých nákladech projektů výzkumu, vývoje a inovací vede veřejná výzkumná instituce oddělenou evidenci a v rámci této evidence sleduje náklady hrazené z institucionální nebo účelové podpory výzkumu, vývoje a inovací z veřejných prostředků podle zvláštních právních předpisů²⁹).

(4) Veřejná výzkumná instituce je povinna mít účetní závěrku ověřenou auditorem.