II. Vyjádření účastníků řízení
A. Poslanecká sněmovna Parlamentu České republiky
20. Poslanecká sněmovna ve svém vyjádření ze dne 20. 4. 2006 především uvedla, že zákonodárný sbor jednal při projednávání zákona č. 495/2005 Sb. ve shodě s předepsanou procedurou a v přesvědčení, že přijatý zákon není v rozporu s Ústavou. Zákon č. 495/2005 Sb. nepopírá ani nevylučuje základní lidská práva zaručená všem Ústavou a Listinou.
21. Poslanecká sněmovna oponuje tvrzení o „absenci normotvorné kompetence Parlamentu“ argumentem, že „v návrhu nejsou uvedeny relevantní důvody či pochybení při projednávání a schvalování novely zákona v Parlamentu ČR“. Vyslovuje se rovněž k námitce neuplatněnou ochranou menšin a uvádí, že „věřící, církve ani náboženské společnosti“ mezi menšiny Ústava stejně jako Listina nezařazuje. S poukazem na čl. 2 odst. 1 a čl. 3 odst. 1 Ústavy dále dovozuje, že s navrhovateli podaným výkladem čl. 16 odst. 2 Listiny vycházejícím z „názoru o ústavním principu privilegovanosti církve a náboženské společnosti“ se ztotožnit nelze.
22. Poslanecká sněmovna v souladu s výše uvedeným uzavírá, že ačkoli stát nemůže – s výjimkou uvedenou v čl. 16 odst. 4 Listiny – „zasahovat do spravování záležitostí těch, kteří chtějí společně s jinými projevovat své přesvědčení a náboženské vyznání ve formě církví a náboženských společností“, je povinen chránit i práva a svobody jiných. Předpokladem účinné ochrany práv třetích osob přitom je, aby právnické osoby byly „přinejmenším státem zákonnou formou registrovány nebo alespoň závazně evidovány, a při ztrátě podmínek registrace či evidence z těchto vyřazovány“. Zákon církvím a náboženským společnostem nestanoví, zda mají po zrušení evidence právnické osoby státem tuto svoji součást zrušit či její existenci zachovat.
B. Senát Parlamentu České republiky
23. Senát ve vyjádření ze dne 14. 4. 2006 uvedl, že návrh zákona zamítl, jelikož „po obsáhlé rozpravě převážil názor“, že některá ustanovení projednávané předlohy nejsou v souladu s čl. 16 Listiny a nerespektují názory vyjádřené v odůvodnění nálezu Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 6/02.
24. V rozhodných souvislostech mělo jít zejména o ustanovení čl. I bodu 25 návrhu vkládající za § 15 nový § 15a, v němž je dle „některých senátorů“ obsažena v podstatě stejná úprava jako v předchozím § 6 odst. 2 zákona o církvích a náboženských společnostech, která byla výše uvedeným nálezem Ústavním soudem zrušena.
25. Senát rovněž upozornil, že ze „strany předkladatele byly uváděny argumenty na podporu navrhované úpravy, v rámci kterých byly zmíněny také určité pasáže z odůvodnění nálezu Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 6/02, s poukazem na to, že nejsou zcela jasné a jednoznačné, respektive že si i protiřečí“.