48. Ze strany zástupců zaměstnavatelů byly k návrhu zákoníku práce vzneseny výhrady zhruba v těchto směrech:
- příprava návrhu zákoníku práce probíhala nestandardně, neboť se k paragrafovanému zpracování přistoupilo, aniž by byly vypořádány připomínky k návrhu věcného záměru NZP, a proto nebylo dosaženo shody na základních přístupech přípravy nového zákoníku práce
- navrhovaná úprava ani po 15 letech diskusí a příprav nenaplňuje očekávání zásadní a koncepčně nové úpravy, jednoduché a srozumitelné, která stanoví jen základní práva a povinnosti pro zaměstnavatele a zaměstnance v návaznosti na příslušné mezinárodní dokumenty
- návrh zákoníku práce v převážné míře pouze novelizuje stávající právní úpravu, v řadě případů je téměř doslovně přebírán původní text a v důsledku toho jsou nadále zakonzervovány principy vycházející z odlišných ekonomických a společenských podmínek
- návrh nenaplňuje požadavek na komplexní a samostatnou právní úpravu, neboť je zpracováván metodou delegace ve vztahu ke zhruba 130 ustanovením stávajícího občanského zákoníku, které by měly být při úpravě pracovněprávních vztahů použity, což povede k nutným změnám při přijetí nového občanského zákoníku
- navrhovaný zákoník práce se prý tváří jako dispozitivní norma, ale kromě četných zákazů toho uživateli v podobě skutečně dispozitivních norem mnoho nenabízí; zákoník práce nebere v úvahu, že většina zaměstnavatelů jsou malé a střední firmy a kdyby musely plnit všechny povinnosti, které jsou jím nově stanoveny, budou s tím mít velké problémy, a to jim podstatně ztíží podnikatelskou činnost
- nebyl naplněn požadavek na zásadní přehodnocení stávajícího postavení zástupců zaměstnanců, odborových organizací a rad zaměstnanců. Současný právní stav – co do postavení odborových organizací – je prý posilován bez ohledu na jejich skutečné postavení, zejména v souvislosti s posílením smluvního principu a dojednáváním dalších pracovních podmínek v kolektivních smlouvách. Zaměstnavatelé i nadále požadují stanovení určitých kritérií, ze kterých by byla zřejmá většinová vůle kolektivu zaměstnanců, za který budou odbory partnerem zaměstnavatele
- předložený návrh je podle názoru odborníků, včetně Legislativní rady vlády, v některých ustanoveních protiústavní. Otázka ústavnosti souvisí s postavením odborů; jde o otázku reprezentativnosti odborů, neboť málo reprezentativní odborová organizace je schopna bránit vlastníkovi v realizaci jeho vlastnických práv. Ponechává se zastupování odborů vůči nečlenům nejen v oblasti kolektivního vyjednávání, v oblasti informování a projednávání obecných otázek, ale i ve věcech individuálních, u výpovědi, okamžitého zrušení pracovního poměru, převedení na jinou práci, a to dokonce proti jejich vůli. Za neústavní je považováno i kontrolní oprávnění odborů, zejména pokud jde o možnost zakázat práci přesčas a práci v noci.