10. Podle navrhovatelů vyvolává zásadní pochybnosti úprava postavení Archivu bezpečnostních složek. Novelizací zákona č. 499/2004 Sb., o archivnictví a spisové službě a o změně některých zákonů, provedenou částí třetí (§ 24) zákona, bylo také změněno znění § 42 odst. 2 zákona č. 499/2004 Sb., a to tak, že Archiv bezpečnostních složek byl zařazen do soustavy archivů jako další z veřejných archivů [§ 42 odst. 2 písm. b) uvedeného zákona]. Postavení a působnost Archivu jsou tedy upraveny jednak obecným zákonem o archivnictví a spisové službě, jednak zvláštními ustanoveními zákona č. 181/2007 Sb. (zejména § 12 až 17). Z této úpravy vyplývají některé závažné organizační a procesní nejasnosti. Podle § 12 odst. 2 zákona je Archiv správním úřadem (čl. 79 odst. 1 Ústavy), tedy orgánem moci výkonné, není však „přímo řízen“ Ministerstvem vnitra (jako Národní archiv a státní oblastní archivy), nýbrž Ústavem, který však na rozdíl od Ministerstva vnitra nemá postavení správního úřadu, a je označen pouze jako „organizační složka státu“. Není tedy orgánem moci výkonné. Přitom Archiv mimo jiné „kontroluje výkon spisové služby u Ústavu“ [§ 13 odst. 1 písm. c) zákona], tedy u organizační složky státu, jíž je „přímo řízen“, tedy jíž je podřízen. Tato působnost Archivu je nyní výslovně uvedena i v ustanovení § 71 odst. 1 písm. d) zákona č. 499/2004 Sb. Podle návětí § 71 odst. 1 tohoto zákona se kontrola vykonává podle „zvláštního právního předpisu“, který je v poznámce č. 27 pod čarou identifikován jako zákon ČNR č. 552/1991 Sb., o státní kontrole, ačkoli podle ustanovení § 3 odst. 2 tohoto zákona se za státní kontrolu podle zákona ČNR č. 552/1991 Sb. nepovažuje kontrola vykonávaná v rámci vztahu nadřízenosti a podřízenosti. Podle navrhovatelů tak vzniká absurdní situace, že podřízený správní úřad kontroluje činnost nadřízené organizační složky státu a uplatňuje vůči ní pravomoci podle uvedeného zákona (včetně rozhodování o případných námitkách Ústavu proti protokolu o kontrole a rozhodování o pořádkové pokutě fyzickým osobám, které způsobily, že Ústav jako kontrolovaná osoba porušil povinnosti podle § 14 uvedeného zákona). Ačkoliv Archiv je podřízen Ústavu, kontrolu dodržování povinností na úseku archivnictví a výkonu spisové služby u něj vykonává Ministerstvo vnitra [§ 71 odst. 1 písm. a) bod 2 zákona č. 499/2004 Sb., ve znění zákona č. 181/2007 Sb.]. Dále navrhovatelé poukazují na to, že podle obecného zákona o archivnictví a spisové službě platí, že nahlížení do archiválií a pořízení výpisu, opisu nebo kopie archiválií lze odmítnout postupem, pro který neplatí správní řád; o nesouhlasném podání badatele pak rozhodne v řízení podle správního řádu příslušný správní úřad na úseku archivnictví a výkonu spisové služby (§ 38 odst. 2, § 40 odst. 3 zákona č. 499/2004 Sb.). Při odepření z důvodu uvedených v § 15 zákona č. 181/2007 Sb. však „o odvolání proti rozhodnutí o odepření rozhoduje ředitel Archivu“, když rozhodnutí o odepření zřejmě učinil vedoucí zaměstnanec Archivu, aniž by zákon stanovil, zda se v takovém případě rozhoduje v prvním i ve druhém stupni podle správního řádu (rozsah použití správního řádu pro věci upravené uvedeným zákonem ostatně zákon vůbec nestanoví).