2. Podle názoru navrhovatelů vyvolává zásadní pochybnosti již samo zřízení Ústavu jakožto státní instituce, jejíž činnost je hrazena ze samostatné kapitoly státního rozpočtu (§ 3 odst. 3 zákona). Ústav je organizační složkou státu (§ 3 odst. 2 zákona). Existuje přitom vícero veřejných institucí přímo či nepřímo financovaných ze státního rozpočtu, které badatelské úkoly v oblasti historie plní nebo mohou plnit a na jejichž úkor (jak lze dle mínění navrhovatelů očekávat) bude Ústav financován. Jsou to především vysoké školy, které jsou podle zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů (zákon o vysokých školách), ve znění pozdějších předpisů, vrcholnými centry vzdělanosti a nezávislého poznání a jimž je přiznávána klíčová úloha ve vědeckém rozvoji společnosti (§ 1 zákona č. 111/1998 Sb.). Dále je to Akademie věd České republiky (zákon České národní rady č. 283/1992 Sb., o Akademii věd České republiky, ve znění pozdějších předpisů), která je organizační složkou České republiky a jejíž činnost je financována ze státního rozpočtu České republiky (pro rozpočtové účely má dokonce postavení ústředního orgánu České republiky). Ta jako veřejné výzkumné instituce zřídila mj. Historický ústav AV ČR, Ústav pro soudobé dějiny AV ČR a Ústav státu a práva AV ČR. Další institucí zabývající se dějinami je také Vojenský historický ústav Praha. Svoboda vědeckého bádání je přitom zaručena v čl. 15 odst. 2 Listiny základních práv a svobod (dále jen „Listina“).