3. Ve zřízení Ústavu a Archivu navrhovatelé spatřují postátnění historického bádání o „době nesvobody“ a „období komunistické totalitní moci“ [§ 2 písm. a) a b) zákona], a to vyvolává reálné nebezpečí, že jeho výsledky budou považovány za „oficiální“. Poukazují na to, že Radu Ústavu (dále též jen „Rada“), jeho nejvyšší orgán, volí a odvolává Senát jakožto jedna z komor Parlamentu České republiky, a v tom spatřují faktické omezování ústavně zaručené svobody vědeckého bádání. I když zákon sice o prioritě a závaznosti výsledků bádání provedeného Ústavem výslovně nehovoří, via facti je však nastoluje. Podle navrhovatelů o tom mimo jiné svědčí výsadní postavení Ústavu s ohledem na povinnost uloženou zákonem všem státním orgánům, organizačním složkám státu, státním příspěvkovým organizacím, ale i orgánům územní samosprávy a příspěvkovým organizacím územních samosprávných celků, jakož i jimi spravovaným archivům, které mají v držení dokumenty a archiválie vztahující se k úkolům Ústavu z období vymezených zákonem, bez zbytečného odkladu mu poskytnout bezplatně potřebnou součinnost (§ 5 odst. 2 zákona). Tato povinnost nemá obdoby v případě žádné jiné z uvedených vědecko-výzkumných institucí.