9. Podle ustanovení § 9 odst. 1 písm. a) zákona do působnosti Rady Ústavu náleží „stanovit metody pro naplňování úkolů Ústavu“. Navrhovatelé namítají, že toto ustanovení je neurčité. Vlastní vědecké zkoumání a nestranné hodnocení „doby nesvobody a období komunistické totalitní moci“, což je podle ustanovení § 4 zákona úkolem Ústavu, nemůže být úkolem Rady a jejích členů, nýbrž zaměstnanců Ústavu. Uvádějí, že „metodou“ se obvykle rozumí např. účelný, objektivně zdůvodněný způsob zkoumání jevů a dosažení vědeckého poznání, soustavný postup, který v dané oblasti vede k cíli, apod. Jestliže tedy Rada - orgán svou podstatou politický, protože volený a odvolávaný Senátem - má stanovit „metody“ uvedeného vědeckého zkoumání a nestranného hodnocení, vyvstává reálné nebezpečí, že stanovením těchto „metod“ může být ve skutečnosti zasaženo do svobody vědeckého bádání, ústavně zaručené v čl. 15 odst. 2 Listiny. Navrhovatelé dále zpochybňují ústavnost ustanovení § 9 odst. 1 písm. e) zákona, podle kterého má Rada zřizovat jako odborný poradní orgán ředitele Ústavu pro badatelskou činnost Ústavu vědeckou radu a jmenovat její členy. Zákon nic bližšího nestanoví, nicméně z toho, že má jít o odborný poradní orgán ředitele Ústavu, se podává, že se předpokládá řízení badatelské činnosti Ústavu jeho ředitelem, přičemž zaměstnanci budou povinni konat osobně práce podle pracovní smlouvy podle pokynů zaměstnavatele, jak to vyplývá z ustanovení § 38 odst. 1 zákoníku práce. Za normativně prázdné považují ustanovení § 9 odst. 1 písm. h) zákona, podle kterého do působnosti Rady náleží „rozhodovat o odvolání proti rozhodnutí Ústavu“. V zákoně totiž není stanoven případ, že by Ústav (jakožto organizační složka státu) autoritativně rozhodoval tak, že by proti jeho rozhodnutí mohlo přicházet v úvahu „odvolání“ jakožto procesní opravný prostředek.