48. Ústavní soud se na prvním místě zabýval obecnou námitkou navrhovatelů, podle níž vyvolává zásadní pochybnosti již samo zřízení Ústavu jako státní instituce, jejíž činnost je hrazena ze samostatné kapitoly státního rozpočtu, a kde navrhovatelé poukazují na to, že více veřejných institucí hrazených přímo či nepřímo ze státního rozpočtu plní badatelské úkoly v oblasti historie. V existenci Ústavu spatřují nebezpečí postátnění historického bádání ohledně zákonem vymezených úseků dějin a zpochybňují formulace, jimiž se v zákoně tato období vymezují, neboť se jimi dopředu předjímá, jak má být toto období hodnoceno, čímž je fakticky omezována ústavně zaručená svoboda vědeckého bádání.