37. Ústavní soud v uvedeném rozhodnutí posuzoval napadená rozhodnutí obecných soudů (včetně Stanoviska Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 4. 2004), která vycházela z právního názoru, že institut nadměrného odpočtu je institutem veřejného práva, a s daňovým přeplatkem je správce daně povinen naložit způsobem uvedeným v § 64 odst. 2 ZSDP, tj. převést jej nejprve na úhradu daňových nedoplatků, a to i v případě, že daňovým subjektem je úpadce, na jehož majetek byl prohlášen konkurs. Ústavnímu soudu bylo známo i odlišné stanovisko šesti soudců Nejvyššího správního soudu, podle něhož, stručně řečeno, z právní úpravy vyplývá: „I. Daňový nedoplatek vzniklý před prohlášením konkursu lze uspokojit jenom podle pravomocného rozvrhového usnesení. II. Daňový nedoplatek vzniklý po prohlášení konkursu má povahu pohledávky za podstatou a lze jej uspokojit kdykoliv v průběhu konkursu; III. Daňový přeplatek nelze po prohlášení konkursu použít k úhradě jiných daňových nedoplatků úpadce, které správce daně přihlásil nebo měl přihlásit do konkursu. Postup podle ustanovení § 64 ZSDP by za trvání konkursu byl nepřípustným započtením.“.
V nálezu sp. zn. III. ÚS 648/04 (viz výše) Ústavní soud mimo jiné uvedl: