146. Pokud jde o vstup Lisabonské smlouvy v platnost, podmínka jejího jednomyslného přijetí všemi signatáři je výrazným znakem organizace mezinárodněprávní povahy, který odlišuje EU od federace nebo jiného státního útvaru. Je však nutno posoudit nejen to, jakou formou Lisabonská smlouva vstupuje v platnost, ale také to, jakým způsobem lze smlouvy v rámci primárního práva EU (ať již Smlouvu o EU, tak Smlouvu o fungování EU) změnit. Systém změny primárního práva, jak jej zakotvuje Lisabonská smlouva, je dokladem toho, že všechny jmenované mezinárodní smlouvy zůstávají takovými smlouvami i co se týče jejich vlastních revizí, a Evropská unie bude proto i po případném vstupu Lisabonské smlouvy v platnost specifickou organizací mezinárodněprávního charakteru. Ve federativním státě je totiž primárně na orgánech federace přijímat novelizaci vlastní ústavy; členské státy mnohačlenné federace, účastní-li se vůbec takové ústavní změny, nemusí s ústavní změnou souhlasit všechny, a přesto změna ústavy vstoupí v platnost. Naopak změna Smlouvy o EU a Smlouvy o fungování EU bude možná jen za souhlasu všech států Unie na mezivládní konferenci, takže role orgánů Unie by byla jen pořádková, nikoliv decizní; orgány Unie tedy nebudou rozhodovat o navrhovaných změnách, ale jen organizačně zajišťovat revizi smluv, a změny vstoupí v platnost po ratifikaci všemi členskými státy v souladu s jejich ústavními předpisy (viz čl. 48 odst. 1 až 5 Smlouvy o EU). EU tedy ani po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost nezíská pravomoc k tvorbě vlastních nových kompetencí, „pány smluv“ stále zůstanou členské státy. Lisabonská smlouva navíc nově zavádí v čl. 50 Smlouvy o EU možnost vystoupení z této organizace. Může k němu dojít dohodou vystupujícího státu s Radou jako reprezentantem členských států (tedy nikoliv s Komisí jako reprezentantem zájmů samotné Unie) a nedojde-li k dohodě, ze smlouvy samotné vyplývá výpovědní lhůta pro stát vystupující. I způsob ukončení členství se jeví jako typický pro mezinárodní organizaci, nikoliv pro soudobý federativní stát, a svrchovanost členských zemí je touto možností naopak posílena. Uvedené argumenty jsou dalším důkazem toho, že Lisabonská smlouva neproměňuje výrazně charakter EU a že nezakládá možnost, aby Unie přijímala opatření nad rámec unijních kompetencí, tedy mimo rozsah přenesení pravomocí podle čl. 10a odst. 1 Ústavy.