187. V pátém bodě návrhu se Senát zabýval problematikou Listiny základních práv Evropské unie. Uvedl, že posílení pravomocí orgánů Evropské unie, které reprezentují supranacionální úroveň rozhodování, je doprovázeno zavedením jednotné právní subjektivity Evropské unie, a její fungování tak získává ve sféře dosavadního druhého i třetího pilíře, v oblastech primárně politické spolupráce, zcela nový legislativní rámec. V takovém rámci (zásadně prý odbourávajícím ve sféře dosavadního třetího pilíře zásadu jednomyslného rozhodování) může ovšem častěji než doposud docházet ke kolizím s vnitrostátními standardy ochrany základních práv. Ačkoli má Evropská unie dle navrženého čl. 6 odst. 2 Smlouvy o EU přistoupit k Evropské úmluvě o ochraně lidských práv a základních svobod, konstatuje zároveň týž článek v odstavci 1, že „Unie uznává práva, svobody a zásady obsažené v Listině základních práv Evropské unie ze dne 7. prosince 2000, ve znění upraveném dne 12. prosince 2007 ve Štrasburku, jež má stejnou právní sílu jako Smlouvy.“. Tento nepřímý odkaz na Listinu základních práv Evropské unie (dále též jen „Listina“) může – podle názoru Senátu – vyvolávat nejasnosti ohledně jejího statusu, stejně jako skutečnost, že Listina obsahuje nejen přímo vymahatelná práva, ale také principy či aspirace bez jasné systematiky uspořádání. Za situace, kdy Unie nedisponuje a ani nemůže disponovat specializovaným tělesem, tedy soudem řešícím „ústavní stížnosti“, který by ustanovení Listiny v konkrétních případech porušení občanských práv vykládal, není prý její úloha zřejmá. Senát si není jist, zda Listina představuje ochranu práv občanů nebo spíše interpretační nástroj, v jehož zorném úhlu jsou vykládány pravomoci unijních orgánů nebo prohlubován výklad cílů, jež Unie sleduje, zda je posilována či naopak oslabována autorita vnitrostátních institucí, které vykládají národní katalogy lidských práv vždy v souvislosti se svébytnou tradicí politických národů Evropy, jaké procesní důsledky (prodloužení či naopak zrychlení vymahatelnosti práva) má tento krok ve vztahu k jurisdikci Evropského soudu pro lidská práva a zda v důsledku této skutečnosti může být posilován či nivelizován standard vnitrostátní ochrany lidských práv zakotvený v Listině základních práv a svobod. V dané souvislosti prezident republiky ve svém vyjádření mj. uvedl, že podle jeho názoru má Listina práv EU smysl pouze tehdy, pokud se Unie sama cítí být státem sui generis, resp. vznikajícím státem federálního typu, který je pak mezinárodním právem sám zavázán dodržovat a chránit lidská práva.