14. Dne 5. 6. 2008 došlo Ústavnímu soudu vyjádření prezidenta republiky. Ten v jeho úvodu zdůraznil, že návrh Senátu vítá a ztotožňuje se s ním. Prezident uvedl, že Lisabonská smlouva mimo jakoukoli pochybnost významně mění charakter Evropské unie jako takové, a tím i právní postavení České republiky v jejím rámci. Proto je podle jeho názoru třeba posouzení souladu všech jejích ustanovení jednotlivě i v jejich celku s Ústavou České republiky, Listinou základních práv a svobod a s ústavním pořádkem České republiky věnovat mimořádnou pozornost. Prezident v této souvislosti poznamenal, že rozhodnutí Ústavního soudu v této věci bude jedním z nejvýznamnějších a nejodpovědnějších v historii českého ústavního soudnictví.