32. Vláda ve svém vyjádření dále konstatovala, že cesta od smlouvy z Nice k novému smluvnímu základu ztělesněnému v Lisabonské smlouvě byla složitá a v jejím průběhu vyvstala celá řada otázek souvisejících s relací primární právo EU – právní řády, resp. ústavní pořádky členských států. Řada problematických míst byla diskutována již v Konventu o budoucnosti Evropy, který připravil návrh Smlouvy o Ústavě pro Evropu; vláda opětovně na některá z nich, identifikovaná rovněž v návrhu Senátu (zejména tzv. přechodová klauzule a Listina EU), narazila i v průběhu vyjednávání o textu Lisabonské smlouvy. Vláda v tomto smyslu považuje za legitimní, že Senát využil svého ústavně zakotveného práva a podal návrh, který umožní rozptýlit pochybnosti o souladu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem České republiky před vlastním vstupem Smlouvy v platnost.