40. Další část vyjádření vlády se týká tzv. doložky flexibility dle čl. 352 Smlouvy o fungování EU; z formulace tohoto ustanovení je podle vlády zřejmé, že se nejedná o blanketní normu. Aby mohla Unie na základě Lisabonské smlouvy čl. 352 odst. 1 Smlouvy o fungování EU využít, musí být ve vztahu k navrhovanému legislativnímu aktu kumulativně splněny v něm obsažené podmínky. K používání doložky flexibility se rovněž vztahují dvě prohlášení připojená k Závěrečnému aktu mezivládní konference připravující Lisabonskou smlouvu, která prý kladou meze extenzivnímu výkladu a nepřiměřenému užití této doložky. Další meze rozšíření působnosti doložky flexibility představují opět zásada subsidiarity, která působí jako abstraktní mez rozšiřování unijních pravomocí, a její dodržování je kontrolováno vnitrostátními parlamenty (čl. 352 odst. 2 Smlouvy o fungování EU), a dále vyloučení aplikace doložky flexibility v oblasti společné zahraniční a bezpečnostní politiky a vyloučení harmonizace právních předpisů členských států na základě doložky flexibility v případech, kdy Smlouvy tuto harmonizaci vylučují. Tím je podle vlády předem vyloučeno použití doložky flexibility k harmonizaci právních předpisů v oblastech, ve kterých má Unie pouze podpůrné, koordinační nebo doplňkové pravomoci.