49. Vláda dále uvedla, že v návrhu na posouzení souladu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem České republiky vznáší navrhovatel celou řadu otázek týkajících se statusu a významu Listiny základních práv EU, jakož i jejího vztahu k národním katalogům základních lidských práv a svobod a k Evropské úmluvě o ochraně lidských práv a základních svobod. Z pohledu vlády je Listina EU po formální stránce samostatným dokumentem nekonsensuální povahy. V tuto chvíli má prý povahu právně nezávazného, svým charakterem ryze politického dokumentu obsahujícího katalog lidských práv a svobod. Díky legislativnímu odkazu obsaženému v novém čl. 6 odst. 1 Smlouvy o EU, který stanoví, že: „Unie uznává práva, svobody a zásady obsažené v Listině základních práv ze dne 7. prosince 2000, ve znění přijatém dne 12. prosince 2007 ve Štrasburku, jež má stejnou právní sílu jako Smlouvy.“, bude Listina EU vstupem Lisabonské smlouvy v platnost fakticky inkorporována do smluvního acquis. V rozsahu své působnosti bude při současném zachování svého svébytného právního charakteru v systému práva EU vyvíjet právní účinky na subjekty členských států bez potřeby recepce jejích norem vnitrostátním právním aktem. K aplikační přednosti před normami vnitrostátního práva členských států by však podle vlády nemělo dojít ve vztahu k tzv. materiálnímu jádru ústav členských států, což vyslovil i český Ústavní soud. Výše uvedené vlastnosti Listiny EU se navíc uplatní výhradně v rozsahu působnosti stanovené Lisabonskou smlouvou v čl. 6 alinea 2 a 3 Smlouvy o EU a horizontálními ustanoveními v hlavě VII samotné Listiny EU. Dle čl. 51 odst. 1 Listiny EU jsou její ustanovení v prvé řadě určena orgánům, institucím a jiným subjektům Unie; členským státům naopak výhradně jen potud, pokud uplatňují právo Unie.