59. Dále prezident poukázal na vyjádření vlády a v něm obsaženou argumentaci opírající se o právní doktrínu tzv. materiálního jádra ústavy. Na rozdíl od vlády je prezident toho názoru, že Lisabonská smlouva je nesouladná nejen s ústavním pořádkem jako celkem, ale i se základními ústavními principy, které jsou – právě podle doktríny materiálního jádra ústavy – nedotknutelné a nezměnitelné (článek 9 Ústavy). V této souvislosti dále uvedl, že základem Ústavy (a tedy i jejího hypotetického materiálního jádra) je princip svrchovanosti státu, což prý před dvěma lety konstatoval i český Ústavní soud v kauze tzv. cukerných kvót, jestliže odmítl uznat doktrínu Evropského soudního dvora o absolutní přednosti komunitárního práva. Podle prezidenta jde zejména o to, komu mají náležet ony tzv. „kompetenční kompetence“. Toto téma nepovažuje prezident za nové; Ústava musela být změněna již před vstupem do Evropské unie, ale i tehdejší tzv. euronovela musela respektovat článek 9 Ústavy. Proto umožnila na orgány Evropské unie přenést „pouze“ některé konkrétní pravomoci orgánů České republiky, ale nedovolila přenést svoji svrchovanost. Bylo tím prý řečeno, že při jakémkoli přenosu pravomocí musí být přenášené pravomoci explicitně a jednoznačně vymezeny, a že nesmí existovat možnost, aby orgány EU mohly vykládat rozsah přenosu pravomocí samy, či aby dokonce mohly samy na sebe přenášet další pravomoci.