60. S principem svrchovanosti státu je podle názoru prezidenta v naprostém rozporu koncept sdílených pravomocí podle článku 4 konsolidovaného znění Smlouvy o fungování Evropské unie, dále přijímání opatření nad rámec unijních kompetencí, „je-li to nezbytné k dosažení některého z cílů stanovených Smlouvami“ podle článku 352 odst. 1 konsolidovaného znění Smlouvy o fungování Evropské unie (tzv. zmocňovací doložka, doložka flexibility), a zjednodušený postup pro přijímání změn primárního práva podle čl. 48 Smlouvy o Evropské unii, tzv. passerella. Mimořádně sporná je prý i tzv. doktrína implicitních vnějších pravomocí zformulovaná Evropským soudním dvorem v roce 2006, umožňující sjednávat mezinárodní smlouvy i nad rámec kompetencí EU. Lisabonská smlouva tak podle prezidenta zahajuje proces, na jehož konci bude suverénem Evropská unie, která bude nařízeními či jinou jednostrannou formou stanovovat normy a pravidla jak jednotlivým členským státům, tak i občanům těchto států. Toto zásadní omezení svrchovanosti České republiky a dalších členských států Evropské unie není navíc v textu Lisabonské smlouvy jasně a otevřeně zformulováno a není výslovně označeno jako záměr a cíl uspořádání, které má tato smlouva přinést.