1. Stanovení IgM protilátek v séru nebo likvoru pomocí ELISA nebo NIF (nepřímou imunofluorescencí).

2. Průkaz sérokonverze nebo signifikantního vzestupu hladiny protilátek třídy IgG, nebo celkových protilátek pomocí ELISA, NIF nebo KFR.
U pacientů čerstvě očkovaných proti klíšťové encefalitidě, žluté zimnici, japonské encefalitidě a u osob, které se vrátily z endemických oblastí těchto virů, horečky dengue a viru West Nile, je nutné sérologické výsledky potvrdit virus neutralizačním testem.