50. V bodech 42 až 44 svého vyjádření vláda argumentuje pro závěr formulovaný v bodu 44, že „nesdílí názor navrhovatelů, že institut tzv. posílené spolupráce“ upravený v čl. 20 SEU „odporuje principu svrchovanosti České republiky, a je s ohledem na shora uvedené přesvědčena, že čl. 20 SEU není v rozporu s čl. 1 odst. 1 ani s čl. 10a Ústavy ČR“ (k tomuto navrhovatelem tvrzenému důvodu rozporu Lisabonské smlouvy s ústavním pořádkem viz bod 15 nálezu). Vláda v bodu 42 svého vyjádření uvádí, že
„smyslem posílené spolupráce je umožnit některým členským státům integrovat se v rámci Unie rychleji a přitom zajistit, že tato spolupráce bude ostatním členským státům v případě jejich pozdějšího zájmu kdykoliv za předem jasně stanovených podmínek otevřena. Z těchto důvodů je zcela logické, že Lisabonská smlouva, podobně jako již platná Smlouva o EU, podmiňuje navázání posílené spolupráce mezi skupinou členských států splněním stanovených podmínek a schválením ze strany Rady. Pokud si budou některé členské státy EU přát navázání spolupráce mimo oblast působnosti Unie a bez využití jejích institucionálních struktur, přičemž taková spolupráce nebude v rozporu se závazky těchto států plynoucími z jejich členství v Unii, Lisabonská smlouva jim v tomto žádné omezení neklade. Narozdíl od posílené spolupráce ve smyslu čl. 20 SEU však v tomto případě Unie nemůže ostatním členským státům zaručit, že jim zúčastněné státy umožní se k takové spolupráci mimo rámec EU připojit“.