72. Dne 23. října 2009 bylo Ústavnímu soudu doručeno prostřednictvím prezidentova právního zástupce Aleše Pejchala doplnění vyjádření prezidenta republiky. V něm se prezident republiky ztotožňuje s doplněním návrhu skupiny senátorů a v jeho rámci pak upozorňuje Ústavní soud, aby neopomněl posoudit slučitelnost Lisabonské smlouvy s Ústavou také s ohledem na to, zda „opuštěním principu konsensuálního v oblasti zahrnující prostor svobody, bezpečnosti a práva a zavedením v této oblasti principu většinového hlasování představitelů moci výkonné jednotlivých členských států Evropské unie nedochází k porušení čl. 10a Ústavy, neboť po faktické v stránce nejde o přenos pravomoci orgánů České republiky na mezinárodní organizaci, ale na skupinu států, jež Českou republiku při prosazování vlastních zájmů přehlasují“. Podle názoru prezidenta republiky „přenos pravomoci orgánů České republiky na jiný stát či skupinu států čl. 10a Ústavy nepřipouští“.