(1) Vyhlašuje se Národní přírodní rezervace Velká Niva (dále jen „národní přírodní rezervace“).

(2) Předmětem ochrany je rozlehlé nivní rašeliniště s přirozenými lesními porosty tvořenými zejména podmáčenými rašelinnými smrčinami a blatkovými bory s výskytem vzácných a ohrožených druhů živočichů a rostlin, včetně biotopu a populace borovice blatky (Pinus uncinata). Předmětem ochrany jsou rovněž typy přírodních stanovišť a druhy, pro které byla jiným právním předpisem¹) vyhlášena Evropsky významná lokalita Šumava a které se nacházejí na území národní přírodní rezervace.