(3) Ministerstvo životního prostředí dále
a) provádí vymezení a hodnocení nadregionálního systému ekologické stability podle § 4 odst. 1,
b) vydává povolení k vývozu a dovozu ohrožených rostlin a živočichů chráněných mezinárodními úmluvami podle § 5 odst. 7,
c) rozhoduje o povolení k provozování záchranné stanice a jeho změně nebo zrušení, vede přehled záchranných stanic a zveřejňuje jej způsobem umožňujícím dálkový přístup podle § 5 odst. 8 až 11,
d) vydává souhlasy s použitím ustanovení o zásazích proti škůdcům a o případech mimořádných okolností a nepředvídaných škod a stanoví přitom rozsah jejich použití v národních parcích a v národních přírodních rezervacích,
e) zajišťuje zpracování a oznamuje a projednává záměry na vyhlášení a návrhy právních předpisů, kterými se vyhlašují národní parky, chráněné krajinné oblasti, národní přírodní rezervace, národní přírodní památky nebo ochranná pásma těchto zvláště chráněných území,
f) vydává souhlasy k vývozu paleontologických nálezů podle § 11 odst. 3 a vydává povolení k vývozu zvláště chráněných nerostů podle § 53,
g) vydává souhlasy ke zcizení nezastavěných pozemků ve vlastnictví státu na území přírodních rezervací a přírodních památek,
h) zajišťuje zpracování a schvaluje plány péče o národní parky, národní přírodní rezervace, národní přírodní památky, chráněné krajinné oblasti a o ochranná pásma těchto zvláště chráněných území a zajišťuje jejich realizaci ve spolupráci se správami podle § 38,
i) předává dokumentaci vyhlášených národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území a dále ptačích oblastí a evropsky významných lokalit do ústředního seznamu; oznamuje vyhlášení národních parků, chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací, národních přírodních památek a ochranných pásem těchto zvláště chráněných území katastrálním úřadům,
j) oznamuje lokality, které nebyly zařazeny do evropského seznamu podle § 45a odst. 4 a vyhlašuje sporné lokality podle § 45b odst. 2,
k) zajišťuje zpracování souhrnů doporučených opatření pro evropsky významné lokality a ptačí oblasti podle § 45c odst. 3, § 45e odst. 6, předává je do ústředního seznamu a zveřejňuje je prostřednictvím internetu,
l) podává žádosti o stanovisko Komisi podle § 45i odst. 10,
m) ve spolupráci s ostatními orgány ochrany přírody, vlastníky a nájemci pozemků, občanskými sdruženími a dalšími odbornými subjekty zajišťuje a schvaluje záchranné programy podle § 52,
n) uplatňuje předkupní právo státu k pozemkům podle § 61 odst. 1,
o) vydává osvědčení o zvláštní odborné způsobilosti podle § 79a odst. 2 písm. b),
p) je odvolacím orgánem proti rozhodnutím vydaným orgány krajů v přenesené působnosti, správami a Českou inspekcí životního prostředí,
q) uplatňuje stanoviska k politice územního rozvoje a k zásadám územního rozvoje z hlediska zájmů chráněných tímto zákonem,
r) zřizuje správy národních parků jako státní příspěvkové organizace40b), pokud nebyly zřízeny jiným zákonem41),
s) je oprávněno zřídit státní příspěvkovou organizaci za účelem zajištění ochrany, péče a provozu veřejnosti zpřístupněných jeskyní,
t) vykonává působnost orgánů ochrany přírody na pozemcích a stavbách, které tvoří součást objektů důležitých pro obranu státu mimo vojenské újezdy41aa).