19. Ministerstvo spravedlnosti ve svém vyjádření uvedlo, že právní prostředky k určení otcovství vycházejí z několika společenských požadavků. Tím základním je především ten, aby dítě mělo oba své rodiče. Dalším je požadavek, aby se právní vztah v co největším počtu případů ztotožňoval i se vztahem biologickým. V neposlední řadě je pak žádoucí, aby byl tento vztah určen v co možná nejkratší době po narození dítěte, což naplňuje požadavek maximální stability právního vztahu rodiče a dítěte. Při uplatňování všech těchto požadavků je nutné řídit se zejména zásadou ochrany zájmů dítěte. Ve věci stěžovatele je podle Ministerstva spravedlnosti prokázána neexistence biologického vztahu mezi stěžovatelem a 2. vedlejším účastníkem (tj. dítětem, jehož otcovství stěžovatel popírá). Je důležité posoudit otázku, zda udržení nesouladu právního vztahu se stavem faktickým je v zájmu dítěte či nikoli. Za těchto okolností měl nejvyšší státní zástupce více zvážit svou možnost podat návrh na popření otcovství, neboť uvedené skutečnosti naplňují zákonné podmínky, za kterých je možné k tomuto kroku přistoupit. Není možné v tomto případě vystačit pouze s obecným tvrzením, že popření otcovství muže, který zjevně není biologickým otcem dítěte a který k tomuto dítěti nemá ani jiný citový, pro dítě prospěšný vztah, není v zájmu dítěte. Ministerstvo spravedlnosti ale nesouhlasí s návrhem zrušit napadené ustanovení zákona o rodině, nýbrž i s ohledem na to, že se současný právní stav a dosavadní praxe orgánů justice probíhající v jeho mezích dostává v některých případech do rozporu s judikaturou Ústavního soudu a Evropského soudu, navrhuje přistoupit k jeho legislativní změně. Ta by měla zpřesnit podmínky, za kterých je možné podat návrh na popření otcovství i po uplynutí zákonem stanovené lhůty v případech, kdy není v zájmu dítěte ani v zájmu otce zapsaného do matriky zachování nesouladu právního vztahu a stavu faktického.