a) podzemní a povrchové krasové jevy vytvořené v hrubozrnných a dolomitických krystalických vápencích a nekrasových horninách moldanubika, zahrnující komplex Chýnovské jeskyně, včetně přirozených výplní jeskyní,

b) vzácné minerální formy, zejména fialová odrůda tremolitu hexagonit,

c) přírodní společenstva jeskyní, včetně vzácných a ohrožených druhů živočichů, zejména populace a biotop silně ohroženého druhu živočicha netopýra řasnatého (Myotis nattereri),

d) typy přírodních stanovišť a druhy, pro které byla jiným právním předpisem²) vyhlášena Evropsky významná lokalita Chýnovská jeskyně a které se nacházejí na území národní přírodní památky.