10. Námitka účasti Nejvyššího soudu v celém procesu kárného řízení je uplatnitelná již v samotném zřízení Kárné komory NKÚ. Vedle předsedy Kárné komory NKÚ, kterým je prezident NKÚ, jsou členy a náhradníky Kárné komory NKÚ soudci Nejvyššího soudu, kterýžto je zároveň i odvolací instancí. Obsazení Kárné komory NKÚ, resp. začlenění soudců Nejvyššího soudu do Kárné komory NKÚ, tak může být zpochybněno několika skutečnostmi. Nejpodstatnější se jeví ustanovení čl. 82 odst. 3 Ústavy, které konstatuje neslučitelnost funkce soudce s jakoukoli funkcí ve veřejné správě (funkce soudce není slučitelná s funkcí prezidenta republiky, člena Parlamentu ani s jakoukoli funkcí ve veřejné správě; zákon stanoví, se kterými dalšími činnostmi je výkon soudcovské funkce neslučitelný). Za takovou funkci lze považovat rovněž členství v Kárné komoře NKÚ. Podle § 7 odst. 1 zákona o NKÚ je Kárná komora NKÚ orgánem NKÚ, a to i přestože není NKÚ samým zřízena. Jak již bylo řečeno, předsedou Kárné komory NKÚ je sice prezident NKÚ, nicméně zbývající dva členové jsou soudci z řad soudců Nejvyššího soudu coby orgánu odlišného, navíc orgánu soudního. Kárná komora není orgánem soudním, a to i přestože se na její činnosti podílí soudci z povolání, resp. soudci přidělení a činní u Nejvyššího soudu. Dle názoru navrhovatele je řešení kárných provinění členů a funkcionářů NKÚ v podstatě projevem moci výkonné. Kárná komora NKÚ jako taková je pak správním orgánem. Účast soudců Nejvyššího soudu, resp. soudců jako takových, v orgánu tohoto typu se tak jeví v rozporu s čl. 82 odst. 3 Ústavy, neboť princip nezávislosti soudu má nepodmíněnou povahu vylučující možnost ingerence výkonné moci a vice versa. V daném případě je tak možno shledat i porušení principu dělby moci, a tedy čl. 1 Ústavy.