5. Navrhovatel dále uvedl, že NKÚ je koncipován jako samostatný ústavní orgán, jedinečný v horizontální soustavě nejvyšších ústavních orgánů, který vykonává kontrolu hospodaření se státním majetkem a plnění státního rozpočtu a který je vedle moci zákonodárné, výkonné a soudní definován v samostatné hlavě páté, resp. v čl. 97 Ústavy. Nezávislost NKÚ je jak systémová, tak funkční. Kromě kontrolních oprávnění nemá mocenská oprávnění ve vztahu k jiným vrcholným ústavním orgánům. Funkční nezávislost znamená, že NKÚ je svojí působností vázán pouze zákonem, svoji činnost si sám stanoví a nepřejímá pokyny od jiného státního orgánu. Působnost, organizační strukturu a činnost upravuje zákon o NKÚ. Prezident NKÚ, viceprezident NKÚ a členové NKÚ jsou kárně odpovědni za kárná provinění (§ 34 a 35 zákona o NKÚ). Dle § 37 zákona o NKÚ kárnou odpovědnost zjišťuje a kárná opatření ukládá Kárná komora NKÚ. Ta se skládá z předsedy, kterým je prezident NKÚ, a dvou členů jmenovaných předsedou Nejvyššího soudu z řad soudců tohoto soudu (§ 38 odst. 1 a 2 zákona o NKÚ). Dle § 39 odst. 2 zákona o NKÚ platí pro řízení před Kárnou komorou NKÚ kárný řád. Proti rozhodnutí Kárné komory NKÚ lze podle § 43 odst. 2 zákona o NKÚ podat do patnácti dnů odvolání k Nejvyššímu soudu. Pravomoc Nejvyššího soudu rozhodovat jako odvolací instance vyplývá též z ustanovení § 19 odst. 1 kárného řádu NKÚ.