9. Podle § 129 odst. 1 s. ř. s.: „Ve věcech správního soudnictví, v nichž zvláštní zákon svěřuje soudu rozhodování o opravných prostředcích proti rozhodnutím správních orgánů podle části páté hlavy třetí občanského soudního řádu, ve znění účinném k 31. prosinci 2002, lze ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona podat ve lhůtě třiceti dnů od doručení rozhodnutí, nestanoví-li zvláštní zákon lhůtu jinak, žalobu podle části třetí hlavy druhé dílu prvního tohoto zákona, jsou-li splněny podmínky tam stanovené. Nestanoví-li zvláštní zákon jinak, má podání žaloby odkladný účinek“. Ustanovení § 129 odst. 1 s. ř. s. týkající se přechodných ustanovení k opravným prostředkům proti rozhodnutí správního orgánu danou problematiku „řeší“ podáním správní žaloby, resp. řízením o správních žalobách. S ohledem na povahu kárného řízení by přenesení pravomoci rozhodovat o odvolání proti rozhodnutí Kárné komory NKÚ na Nejvyšší správní soud bylo namístě. Nicméně pravomoc Nejvyššího soudu vychází přímo z ustanovení zákona o NKÚ (§ 43 odst. 2 zákona o NKÚ), a nadále se tak jedná o tzv. kauzální příslušnost Nejvyššího soudu (lex specialis), kterážto zůstala beze změny, a to i přes přijetí úpravy týkající se správního soudnictví v roce 1993, resp. k 1. lednu 1993, stejně jako nové úpravy správního soudnictví, ignorujíc zřízení Nejvyššího správního soudu a zrušení původního znění části páté hlavy třetí o. s. ř. Tato kauzální příslušnost Nejvyššího soudu je však velmi těžko odůvodnitelná, zcela nekoncepční, což může vést i ke konstatování její protiústavnosti.